Опасаясь еще большего усиления Шакловитого, а вместе с ним и Софьи, враги Федора Леонтьевича решили опереться на семнадцатилетнего царя Петра и в ночь с 7 на 8 августа 1689 года донесли, что начальник Стрелецкого приказа злоумышляет на жизнь его самого и его матери.
(Впоследствии все восемь доносчиков получили по тысяче рублей — огромные деньги, если срубить и поставить избу стоило тогда один рубль.) Петр поверил навету и тотчас же бежал из подмосковного села Преображенского в Троице-Сергиев монастырь, за мощными стенами которого семь лет назад скрывалась царевна Софья.
Петр бежал туда по совету Бориса Голицына, двоюродного брата Василия Голицына. В ту пору Борис Голицын был одним из ближайших сподвижников Петра и имел на него сильное влияние. Петр примчался в Троицу в сопровождении лишь нескольких приближенных, но уже на следующий день к нему приехали мать, любимая сестра Наталья и молодая жена — царица Евдокия.
А следом за ними к воротам монастыря подошел большой и сильный отряд, который привел швейцарец, полковник Франц Лефорт, — любимец Петра и верный его друг.
За то, что Лефорт первым из офицеров-иностранцев примчался на помощь к Петру, он был произведен в генералы.
Вслед за Лефортом в монастырь пришло еще несколько офицеров-иностранцев и оставшийся верным Петру стрелецкий Сухарев полк. Еще через три дня прибыли и телеги с порохом, ядрами, картечью, пушками и мортирами. А к концу августа в Троицу пришли со всеми урядниками еще пять стрелецких полковников.
Патриарх Иоаким, посланный в Троицу царевной Софьей для того, чтобы помирить ее с братом, не только не стал миротворцем, но ясно дал понять Петру, что стоит на его стороне и дальше будет держаться точно так же.
Почувствовав, что сила на его стороне, Петр 1 сентября потребовал выдать ему Шакловитого «головой», и после того как Софья, помешкав неделю, все же выдала своего любимца, хотя при этом и обливалась слезами, Федора Леонтьевича поставили на пытку и 12 сентября отрубили голову.
Василия Голицына отправили с женой и детьми к Северному Ледовитому океану, а царевну Софью заточили в московский Новодевичий монастырь.
Софья умерла монахиней 3 июля 1704 года, 46 лет, а Голицын умер в изгнании в 1714 году в возрасте 70 лет.