Зато хорошо известно, как ждал ее Алексей Петрович, как надеялся, что отец все-таки разрешит им обвенчаться и позволит жить вместе, частной жизнью, в одной из деревень под Москвой. Но ничему этому не суждено было статься. Как только Ефросинья вернулась в Петербург, ее тут же арестовали, посадили в крепость и приступили к допросам. Правда, ее ни разу не пытали, а Петр всячески выказывал ей свои симпатии. Это объясняли тем, что данные Ефросиньей показания окончательно погубили царевича. Ей, конечно же, запретили и думать о венчании, а свидания ее с Алексеем происходили только во время очных ставок в застенках Преображенского приказа.
А царевич, сразу же после приезда в Москву, 3 февраля был приведен в Столовую палату Теремного Кремлевского дворца и в присутствии генералитета, министров и высших церковных иерархов пал перед Петром на колени и отрекся от прав на престол, попросив у отца «жизни и милости». Петр обещал сохранить ему жизнь, если он откроет имена всех участников побега, на что Алексей немедленно согласился и тут же назвал всех сообщников.
В Преображенский приказ прежде всего были доставлены главные сообщники Алексея — Кикин, Вяземский, Афанасьев и Долгорукий, а вслед за ними на допросах и пытках оказалось более пятидесяти человек.
Следствие, начавшееся в феврале 1718 года, продолжалось до середины июня, когда после очных ставок Алексея и Ефросиньи была установлена «сугубая вина» царевича и он сам попал в каземат Петропавловской крепости, а затем и был подвергнут пыткам.
Царевич Алексей и его сообщники
На допросах Алексей назвал имена более чем пятидесяти своих подлинных и мнимых сообщников, и розыск начался сразу в трех городах: Петербурге, Москве и Суздале, там, где находились названные царевичем люди.
В Суздаль был направлен капитан-поручик Преображенского полка Григорий Скорняков-Писарев с отрядом солдат. 10 февраля 1718 года в полдень он прибыл в Покровский монастырь, оставив солдат неподалеку от обители.
Скорняков сумел незамеченным пройти в келью к Евдокии и застал ее врасплох, отчего она смертельно испугалась. Евдокия была не в монашеском одеянии, а в телогрее и повойнике, что потом ставилось ей в вину, ибо было сугубым нарушением монашеского устава.
Оттолкнув бледную и потерявшую дар речи Евдокию, Скорняков коршуном бросился к сундукам и, разворошив лежащие там вещи, нашел два письма, свидетельствующие о переписке Евдокии с сыном. После этого в Благовещенской церкви найдена была записка, по которой Лопухину поминали «Благочестивейшей великой государыней нашей, царицей и Великой княгиней Евдокией Федоровной» и желали ей и царевичу Алексею «благоденственное пребывание и мирное житие, здравие же и спасение и во все благое поспешение ныне и впредь будущие многие и несчетные лета, во благополучном пребывании многая лета здравствовать».