Большинство пунктов инструкции касались товарно-денежных отношений и колонизации новых земель. Особенно подчеркивалась важность соблюдения монопольного права испанской короны на меновую торговлю: «Их Высочества повелевают, чтобы никто, ни одно лицо из числа находящихся во флотилии, каково бы ни было его звание и положение, не приносил и не смел провозить на кораблях флотилии какие бы то ни было товары, предназначенные для менового торга на упомянутых островах и материке, ибо никто не имеет права вести этот торг, за исключением Их Высочеств, как о том далее будет идти речь».
Также были даны подробные указания адмиралу о том, как создать простую (поначалу) систему управления новыми землями: основать испанскую администрацию, судебные органы и таможню.
Но до этого было еще далеко. Вначале предстояло добраться до берегов «Индии». Учитывая то, что флотилия покинула Кадис в конце сентября, когда в океане с приближением похолодания можно было ждать ненастья, Колумб проложил новый маршрут, южнее старого. Поход через океан длился три недели. Из-за того что маршрут был несколько иным, первые острова, к которым добралась экспедиция, были Малые Антильские. Первый из этих островов был назван адмиралом Доминика (Воскресение), по той простой причине, что именно в этот день испанцы его увидели. Следующий остров был назван Гваделупе – в честь знаменитого испанского монастыря.
На этом острове испанцами было захвачено несколько десятков местных жительниц, которых ждала участь служанок или наложниц. Во время первой экспедиции Колумб противился подобному, в этот же раз и позже (а захваты женщин продолжались регулярно) – не стал. Даже если ему это и не нравилось, он понимал, что колонизация новых земель без таких вещей никак не обойдется.
Особенно испанцам из вновь открытых островов приглянулся Пуэрто-Рико. Кстати, это довольно странное название для острова, поскольку означает в переводе с испанского «богатый порт». Кто же додумался назвать «богатым портом» большой остров? Чей это злой умысел?
Но, оказывается, никакого злого умысла здесь нет, а всему виной недоразумение и нерадивость европейских картографов.
Дело в том, что Христофор Колумб назвал его островом Святого Иоанна Крестителя (по-испански Сан-Хуан-Батиста. Со временем для удобства название острова было сокращено до Сан-Хуан. А в живописной бухте был основан город, получивший название Пуэрто-Рико. Но тут составлявшие карту Нового Света европейские картографы перепутали названия: остров получил название города, а столица его стала именоваться Сан-Хуан. В дальнейшем закрепились именно эти названия.