Но главный удар поджидал адмирала в другом месте – в Испании с каждым днем усиливалось недовольство им. И дело не только в том, что отпущенные на родину колонисты распускали порочащие его слухи и писали на него доносы. Главное было в другом. Доходы от вновь открытых земель никак не могли покрыть расходов на отправленные к берегам Нового Света экспедиции. А тут еще и конкуренты португальцы (Васко да Гама) вернулись из настоящей Индии с богатым грузом.
Чтобы как-то поправить дела, Фердинанд принимает решение назначить своего придворного вельможу и командора религиозно-военного ордена Алькантара Франсиско Бовадилью судьей-правителем на Эспаньоле с неограниченными полномочиями.
23 августа 1500 года Бовадилья прибывает на Эспаньолу и сразу же начинает судебное преследование Колумба и его братьев. Христофор соглашается признать Бовадилью только лишь представителем правосудия, но никак не губернатором колонии. Но у того в «рукаве припрятан туз», он вручает адмиралу письмо короля и королевы следующего содержания:
«Дон Кристоваль Колон, наш адмирал моря-океана! Мы приказали нашему командору дону Франсиско Бовадилье объявить вам нашу волю. Повелеваем подчиняться ему и исполнять все, что он скажет от нашего имени.
Фердинанд, Изабелла».
В этом письме даже не упоминается присвоенное ранее Колумбу звание вице-короля. Можно представить, какие чувства испытывал в этот момент великий мореплаватель. Но это было еще не все. Бовадилья еще до начала расследования приказал заковать в цепи Колумба и его братьев и отвести их в тюрьму. Затем было проведено очень быстрое и, разумеется, весьма и весьма пристрастное расследование, позволившее Бовадилье обвинить Колумба в государственной измене. Новый правитель Эспаньолы приказал отправить Колумба в Испанию как преступника – в кандалах.
Капитан каравеллы, доставлявший адмирала к испанским берегам, предложил Колумбу освободить его от цепей, но тот решительно отверг эту поблажку Он заявил: «Короли приказали мне повиноваться, и Бовадилья заковал меня в кандалы; я останусь в них до тех пор, пока короли не позволят снять их, и я сохраню эти цепи на память о своих заслугах».
Между 20 и 25 октября 1500 года корабли с узниками прибыли в Кадис. Колумба и его братьев повели по городу под стражей и в оковах. Из Кадиса его направили в один из монастырей Севильи. Известно, что он оставался в кандалах, по меньшей мере, до конца декабря, когда пришел приказ о его освобождении. Биографы Колумба отмечают, что обращение с великим мореплавателем как с уголовным преступником вызвало негодование по всей стране, что не могло не встревожить Фердинанда и Изабеллу. Король заявил, что Бовадилья превысил свои полномочия, а Изабелла приказала выдать адмиралу две тысячи дукатов, чтобы он мог явиться ко двору «в приличном виде». Это был не лишним, поскольку адмирал вернулся из Америки без золота, изъятого Бовадильей.