Впоследствии, благодаря своему религиозному авторитету, факты, изложенные в Новом Завете использовались для оправдания проявлений антисемитизма в христианских странах, а факты участия евреев в гонениях христиан использовались для разжигания антисемитских настроений в христианской среде.
В окончательном разделении христиан и евреев исследователи выделяют две даты: 1) 66–70 годы: Первая иудейская война, закончившаяся разрушением Иерусалима римлянами. Для еврейских зелотов христиане, покинувшие город перед его осадой римскими войсками, стали не только религиозными отступниками, но и изменниками своего народа. Христиане же увидели в разрушении Иерусалимского храма исполнение пророчества Иисуса и указание на то, что отныне именно они стали истинными «сынами Завета». 2) Около 80 года: внесение Синедрионом в Ямнии (Явне) в текст центральной еврейской молитвы «Восемнадцать благословений» проклятия доносчикам и отступникам («малшиним»). Тем самым иудео-христиане были отлучены от иудейской общины.
Тем не менее, многие христиане долгое время продолжали верить, что еврейский народ признает Иисуса Мессией. Сильный удар этим надеждам нанесло признание Мессией руководителя последнего национально-освободительного антиримского восстания Бар Кохбы (около 132 г.).
Судя по дошедшим письменным памятникам, начиная со II века антииудаизм в христианской среде возрастал ( Послание Варнавы, Слово о Пасхе Мелитона Сардийского, а позднее некоторые места из творений Иоанна Златоуста, Амвросия Медиоланского и некоторые др.).
Спецификой христианского антииудаизма стало повторяющееся с самого начала его существования обвинение иудеев в Богоубийстве. Назывались и другие их «преступления» – упорное и злонамеренное отвержение ими Христа и его учения, образ и стиль жизни, профанация Святого Причастия, отравление колодцев, ритуальные убийства, создание прямой угрозы для духовной и физической жизни христиан. Утверждалось, что иудеи, как народ проклятый и наказанный Богом, должны быть обречены на «унижающий их образ жизни» с тем, чтобы стать свидетелями торжества христианства.
После Миланского эдикта (313 год) императоров Константина и Лициния, провозгласивших политику официальной терпимости к христианам, влияние Церкви в империи неуклонно возрастало. Становление Церкви как государственного института влекло за собой социальную дискриминацию иудеев, преследования и погромы, совершавшиеся христианами с благословения Церкви или инспирировавшиеся церковной иерархией.
В 1096 году был организован Первый крестовый поход, целью которого было освобождение Святой земли и Гроба Господня от «неверных». Начался же он с уничтожения крестоносцами ряда еврейских общин Европы. Немалую роль в предыстории этой резни сыграла антиеврейская пропаганда погромщиков-крестоносцев, основанная на том, что христианская церковь, в отличие от иудаизма, запрещала давать в долг под проценты.