Перед своей смертью он также составил покаянную молитву, которую назвал «Акт раскаяния».
« Мы сознаем теперь, что многие века были слепы ., что не видели красоты избранного Тобой народа, не узнавали в нём наших братьев. Мы понимаем, что клеймо Каина стоит на наших лбах. На протяжении веков наш брат Авель лежал в крови, которую мы проливали, источал слезы, которые мы вызывали, забывая о Твоей любви. Прости нас за то, что мы проклинали евреев. Прости нас за то, что мы второй раз распяли Тебя в их лице. Мы не ведали, что творили ».
Во время правления следующего папы – Павла VI – были приняты исторические решения Второго Ватиканского собора (1962–1965 гг.). Собором была принята Декларация «Nostra Aetate» («В наше время»), подготовленная при Иоанне XXIII, авторитет которого сыграл в этом существенную роль. Несмотря на то что полностью Декларация называлась «Об отношении Церкви к нехристианским религиям», основной ее темой был пересмотр представлений католической церкви о евреях.
Впервые в истории появился родившийся в самом центре христианского мира документ, снимавший с евреев многовековое обвинение в коллективной ответственности за смерть Иисуса. Хотя «еврейские власти и те, кто следовали за ними, требовали смерти Христа», – отмечалось в Декларации, – в Страстях Христовых нельзя видеть вину всех евреев без исключения – как живших в те времена, так и живущих сегодня, ибо, «хотя Церковь – это новый народ Божий, евреев нельзя представлять отвергнутыми или проклятыми».
Также впервые в истории официальный документ Церкви содержал ясное и недвусмысленное осуждение антисемитизма.
За период понтификата папы Иоанна Павла II (1978–2005) изменились некоторые литургические тексты: из отдельных церковных чинопоследований были удалены выражения, направленные против иудаизма и евреев (оставлены лишь молитвы за обращение иудеев ко Христу), а также отменены антисемитские решения целого ряда средневековых соборов.
Иоанн Павел II стал первым папой в истории, переступившим порог православной и протестантской церквей, мечети и синагоги. Он стал также первым папой в истории, попросившим прощения у всех конфессий за злодеяния, когда-либо совершенные членами католической церкви.
В октябре 1985 года в Риме состоялась встреча Международного комитета по связям между католиками и евреями, посвященная 20-летию Декларации «Nostra Aetate». В ходе встречи прошла также дискуссия по поводу нового ватиканского документа «Замечания о правильном способе представления евреев и иудаизма в проповедях и катехизисе Римско-католической церкви». Впервые в документе такого рода было упомянуто государство Израиль, говорилось о трагедии Холокоста, признавалось духовное значение иудаизма в наши дни и приводились конкретные указания, как толковать новозаветные тексты, не делая антисемитских выводов.