По другой версии, Парис похитил Елену, когда та молилась в храме Афродиты, и любовью к Парису она воспылала лишь в дороге – когда троянский корабль остановился на острове Краная. Некоторые же предания сообщают, что Парису достался лишь призрак Елены, который создала коварная Гера, – сама же Елена была перенесена в Египет, где прожила семнадцать лет в ожидании своего законного супруга.
Бывшие женихи Елены, поклявшиеся когда-то блюсти честь ее супруга, собрались вместе, чтобы примерно наказать коварного троянца и вернуть Менелаю похищенную супругу. К ним также присоединился Ахилл – сын Пелея и Фетиды, величайший из героев. Несколько лет собиралось греческое войско – наконец армия, насчитывавшая сто тысяч воинов и больше тысячи кораблей, собралась в Авлидской гавани. Оракул предсказал Агамемнону, который командовал войском, что война продлится девять лет – но на десятый греки победят.
Прибыв после долгих приключений к стенам Трои, греки потребовали у троянцев выдачи Елены: Гомер сообщает, что она сама желала вернуться к мужу, однако троянцы отказали. Началась долгая осада Трои: девять лет греческое войско стояло под стенами города, и девять лет троянцы держали осаду, прячась за высокими стенами. В конце концов Агамемнон назначает день решительной битвы – однако было решено, что исход войны решит поединок Менелая и Париса: победитель получает и Елену, и сокровища, которые она вывезла из Спарты. Парис лишь с помощью Афродиты избежал гибели, но через несколько дней был ранен отравленной стрелой и вскоре скончался.
Овдовевшую Елену взял в жены брат Париса Деифоб: с одной стороны, таков был древний обычай – вместе с наследством брат получает и вдову брата, о которой должен заботиться. С другой стороны, Деифоб был сам влюблен в Елену: он всегда завидовал брату, его силе и удаче, и не мог упустить шанса получить в жены его вдову. К тому же Елена, оставшись свободной для брачных предложений, могла снова стать причиной раздора – ее красота очаровала многих троянцев, готовых биться с огромным греческим войском ради прекрасной царицы. Сама же Елена давно тяготилась своим состоянием: наведенный Афродитой любовный дурман рассеялся, а ужасы разыгравшейся войны отягощали ее совесть. Она даже пыталась бежать из города, но Деифоб, узнав об этом, поймал ее и запер во дворце. Согласно некоторым источникам, во время решающей битвы Елена, как могла помогала грекам, а своего нежеланного супруга в конце концов собственноручно зарезала.
Когда греки взяли Трою, Менелай разыскивал беглую жену с мечом в руках: согласно тогдашним обычаям, только ее смерть могла восстановить поруганную честь ее мужа. Его соратники, в свою очередь, тоже собирались предать ее жестокой казни – побиванию камнями, однако когда Елену нашли, она была столь ослепительно красива, что Менелай выронил меч и со слезами на глазах простил ее, и вслед за ним ее простило все греческое войско. После долгих странствий Менелай с супругой вернулся в Спарту.