По возвращении из заграничного путешествия в 1698 г. Петр настоял на пострижении жены в монахини. В иночестве приняла имя Елены. Помещена в Суздальский Покровский монастырь. После суда над царевичем Алексеем переведена в Успенский Ладожский монастырь фактически на положении арестантки. По воцарении ее внука, императора Петра II, в 1727 г. возвращена в Москву и вновь стала именоваться царицей Евдокией Федоровной. После чего прожила еще четыре года.
Не принимала никакого участия в побеге сына. Следствие по делу Алексея случайно вскрыло ее связь с полковником Глебовым и менее тяжкие нарушения монашеских обетов, а также преступные разговоры с епископом Досифеем. В деле оказалась замешена даже сестра Петра Марья Алексеевна. Наказания были суровые. Следствие искусственно придало делу политический оборот.
Никакого преступления Евдокия Лопухина на самом деле не совершала. Петр сослал ее в монастырь молодой женщиной, вероятно, и там, может быть, она вступила в связь со Степаном Глебовым, но это не государственное преступление. Степан Глебов мучительно погиб, посаженный на кол. Ростовский митрополит Досифей был лишен сана и казнен, потому что как правящую царицу поминал Евдокию, а не Екатерину.
Во время следствия царевича Алексея спрашивают: «Ты говорил своему духовнику Якову Игнатьеву, что ты ждешь смерти отца?» «Ну, говорил, да, говорил». А Яков Игнатьев ему говорил: «Да какой же это грех? Мы все ждем его смерти, потому что в народе тяготы много».
Допросы показали, что многие действительно надеялись на смерть Петра. Алексей Петрович, если угодно, был со своим народом. Народ испытывал бесконечные тяготы от правления Петра Великого. Население России в его царствование уменьшилось на треть. И в основном все хотели, чтобы это мучение бесконечных войн и реформ наконец закончилось, и можно было хоть немножко пожить спокойно.
Как минимум, дело о заговоре было непомерно раздуто. Это политический процесс, очевидно преследующий какие-то иные цели, помимо выяснения истины. Процессом против Алексея Петр пытался выбить почву из-под ног у оппозиции, противников его реформ, видевших в царевиче символ возвращения к старым порядкам. Недаром в своих показаниях Алексей называл множество имен людей, ведших с ним сочувственные разговоры – это были виднейшие сановники, представители знатнейших родов.
Если бы всех их привлекли к делу, то 1718 г. вошел бы в историю России как первая в стране Большая чистка, а Петр бы выступил как прямой предшественник Сталина. Но Петр, несмотря на упорные сравнения, не был Сталиным. Он умышленно затормозил расследование, не дал бесконечно расширяться кругу обвиняемых.