Позднее появились разведывательные модификации Ju-188E, F-l, F-2 и Т-1. До конца 1943 г. немецкая промышленность изготовила 283 Ju-188, в следующем году – еще 793 штуки. Из этого числа 570 машин были выпущены в варианте разведчика.
Боевой дебют нового самолета состоялся в ночь на 19 августа 1943 г., когда три Ju-188E-1 из 4-й эскадрильи KG66 участвовали в налете на город Линкольн. В дальнейшем новые «Юнкерсы» активно применялись для ночных налетов на Англию не только в качестве бомбардировщиков, но и как самолеты-осветители, которые в люфтваффе назывались «цельфиндерами» (Zeilflnder).
В сентябре того же года первые Ju-188F поступили на вооружение 3-й эскадрильи Aufkl.Gr.121, которая действовала на южном фланге Восточного фронта. К январю 1944 г. на них летали еще четыре эскадрильи: 4./Auflcl.Gr.il, базировавшаяся на аэродроме Барановичи, в Белоруссии, 1. и З./Aufkl. Gr.22, действовавшие соответственно из Ваернеса, в Норвегии, и Риги, в Латвии, а также l./Aufkl.Gr.l24, базировавшаяся в норвежском Киркенесе. Вскоре новые Ju-188D-2 были применены и для ночной разведки. Для этого, помимо фотокамер для съемки в темноте, на них был установлен и радар FuG 200 «Хоэнтвиль».
В разведывательных вариантах «Юнкерса» бомбовые отсеки использовались для подвески дополнительных топливных баков: в передний устанавливался бак объемом 1280 л, в задний – бак объемом 600 л. Еще две емкости по 900 л можно было подвесить под крыльями. При максимальной загрузке Ju-188 мог совершать полеты на расстояние 3400 км! Учитывая высокую пожароопасность при столь больших запасах бензина, на самолете была установлена система аварийного слива топлива через патрубок в хвостовой части фюзеляжа.
Однако при очевидных преимуществах Ju-188 все же незначительно превосходил своего легендарного предшественника. Максимальная скорость около 500 км/ч к 1944 г. уже не обеспечивала неуязвимость от вражеских истребителей, особенно английских и американских. Предельная высота 11 000 м также не гарантировала безопасность во время аэрофотосъемки. Посему появление нового «Юнкерса» так и не решило проблему авиаразведки на Западном фронте.
На Востоке дела обстояли не так плохо, и там Ju-188 еще мог успешно повоевать. Теперь черед перевооружаться наступил и для 2-й эскадрильи Aufkl.Gr. 100.
Хельмут Райнерт потом вспоминал: «Из-за значительного усиления советской ПВО потери наших экипажей и самолетов к сентябрю 1943 г. возросли самым драматическим образом. Ju-88 были ударными самолетами среднего радиуса действия и не были идеально пригодными для дальней разведки на большой высоте. Наша эскадрилья в сентябре 1943 г. была отведена с фронта и переброшена на аэродром Кёнигсберг-Гутенфельд (в Восточной Пруссии, на берегу Балтийского моря). Мы получили там новые самолеты Ju-188. Переподготовка экипажей и обслуживающего персонала, получение нового оборудования с материалами для техобслуживания и приемка новых транспортных средств были закончены в феврале 1944 г. Так в марте 1944 г. я вновь отправился на войну»