Томчин А. Б. вновь вспоминает: «В ноябре 1981 года покинул Военно-медицинскую академию и стал заведовать кафедрой фармакологии в Ленинградском химико-фармацевтическом институте. Что я могу сказать о его работе на новом месте? Он был доволен тем, что приобрел больше свободы. К его прямолинейности и умению говорить правду в лицо руководство института постепенно привыкло. Каждый раз, когда я приходил к нему, я неизменно заставал его активно работающим. На подходе к его кабинету пахло всевозможными лекарственными травами, грохотали агрегаты, измельчающие их, а Леонид Васильевич, удивительно быстро ориентирующийся у себя в кабинете, заваленном книгами и бумагами, излучал доброжелательность, энергию и оптимизм. Сменив место работы, он в значительной степени переключился на лекарственные растения – традиционно важнейшее направление Химико-фармацевтического института. Впрочем, с фитотерапии много лет назад начиналась его научная карьера. Путь в его кабинет был всегда открыт всевозможным народным целителям, опыт которых Леонид Васильевич тщательно анализировал. Не ограничиваясь фармакологическими исследованиями, он регулярно помогал больным, в том числе таким, которым никто из врачей не брался помочь. Наибольших успехов Леонид Васильевич и его сотрудники добились в изучении родиолы розовой („золотой корень“). Результатом этой работы явилась книга Л. В. Пастушенкова о лекарственных растениях и их антигипоксическом действии, а также изданный им в 1994 году замечательный и совершенно необычный двухтомный учебник „Фармакотерапия с основами фитотерапии“. Первые работы по исследованиям антигипоксических свойств лекарственных растений, начатые профессором Л. В. Пастушенковым, были посвящены препаратам растений-адаптогенов. Целенаправленный поиск фитоантигипоксантов довольно быстро привел к успеху.
На протяжении 1981–1997 годов в Санкт-Петербургской химико-фармацевтической академии было выявлено более 500 видов растительного сырья, извлечения из которых обладали свойствами антигипоксантов. Были обнаружены наиболее перспективные для поиска антигипоксантов семейства: бобовые, губоцветные, розоцветные, сложноцветные. Также были разработаны алгоритмы поисковых исследований в данной области, созданы программа изучения растений-антигипоксантов и информационно-поисковая система с уникальной базой данных по растительному сырью и фитотерапии „ФЛОРА“. Организованное профессором Л. В. Пастушенковым внедрение принципов фитотерапии гипоксических состояний в клиническую практику позволило существенно повысить эффективность лечения различных хронических заболеваний, а также пересмотреть подходы к профилактике наиболее распространенной патологии, особенно у пациентов детского и старческого возраста. Более двадцати лет Пастушенков Л. В. активно изучал свойства лекарственных растений. Экспериментальные данные (Пастушенков Л. В., Лесиовская Е. Е., 1989) подтвердили догадку, что биологически активные вещества растений вмешиваются в процессы биоэнергетики и повышают устойчивость организма к гипоксии. Здесь уместно привести выдержку из книги Пастушенкова Л. В. и Лесиовской Е. Е. (Растения-антигипоксанты (фитотерапия).