С Амбона ван дер Хаген отплыл на острова Банда. Здесь в это время обеим голландским факториям, — построенным ван Варнейком, угрожал яванский флот. Мусульманские владетели Северной Явы направили его сюда благодаря подстрекательству португальцев, которые продолжали распространять среди местных владетелей версию о «безземельных голландских пира гах». Эскадра ван дер Хагена отбила нападение яванского флота и, загрузив корабли мускатным орехом, ушла на запад [158, с. 200].
Теперь исиапо-португальцы решили принять серьезные меры, чтобы остановить голландскую экспансию. Вице-король Гоа приказал собрать в Малакке флот из 8 больших и 22 малых судов под командованием адмирала Фуртадо де Мендоза. Эта армада сначала двинулась против Аче. После нескольких столкновений с ачсхцами, не добившись решительного результата, Мендоза в декабре 1601 г. направился на Западную Яву и блокировал Бантамский порт. В это время к Бантаму приближалась голландская эскадра из пяти судов под командованием Волферта Харменсзона. Китайский купеческий корабль, встретивший голландцев на подходе к Бантаму, предупредил их об опасности, однако Харменсзон решил все же атаковать португальцев, выбрав для нападения 25 декабря, когда португальцы праздновали рождество. После двухдневного боя, потеряв два галеона, Фуртадо отступил от Бантама [132, с. 184; 262, с. 75–76; 263, с. 117].
После этого Харменсзон направился на Тернате. Здесь он выгодно закупил большой груз гвоздики и собирался уже отплывать, когда пришло известие, что Мендоза напал на Амбон. Согласно договору 1600 г., Харменсзон обязан был поспешить на выручку амбонцам, но его суда уже были загружены пряностями. Он решил не подвергать риску драгоценный груз и отплыл в Голландию, оставив союзников на произвол судьбы [158, с. 201].
Между тем Мендоза, прибыв на Амбон в феврале 1602 г., начал осаду голландской крепости Кастеел ван Верре. Малочисленный гарнизон вскоре подписал капитуляцию на условии свободного выхода. Голландское судно, случайно прибывшее в это время на Амбон, вывезло гарнизон в Бантам. После этого голландская крепость была снесена, а войска Мендозы обрушились на хитуанцев. На Амбоне начался террор. Солдаты Мендозы жгли деревни, вырубали гвоздичные плантации: уцелевшие жители бежали в горы. Покорив остров и усилив гарнизон португальской крепости, Мендоза направился к Тернате, где к нему присоединилась испанская эскадра, присланная с Филиппин.
На Тернате в это время также не было голландцев, но султан Тернате успел собрать достаточно сил с соседних островов, чтобы дать отпор испано-португальцам. Несмотря на огромное превосходство в огневой мощи, испано-португальский флот был сильно потрепан и вынужден был уйти в Малакку [132, с. 183–184].