Большую роль в экономике Юго-Восточной Азии играла также внутрирегиональная торговля. В рассматриваемый период окончательно завершилась начавшаяся 100–200 лет назад специализация отдельных областей на производстве определенных продуктов. Так, на Суматре и Западной Яве, специализировавшихся на производстве перца, резко сократилось (часто в результате ограничительных мер местных правительств) выращивание риса, и рис ввозился сюда из Сиама или с Восточной Явы. Жители Молуккских островов, а также островов Банда и Амбон, единственных в мире районов, где росли так называемые тонкие пряности — гвоздика, мускатный орех и мускатный цвет, не производили никакого продовольствия и не занимались ремеслом. Все продукты питания, одежду, металлическую утварь и предметы роскоши сюда завозили из других районов Индонезии. Жители острова Белитунг близ Суматры сосредоточились на производстве металлических изделий, которые расходились по всему региону, а все остальное занозили извне.
Естественно, что прибыли, которые купцы (а через них и местные правительства, собиравшие пошлины) получали от внутрирегиональной, а в особенности межрегиональной торговли, были огромны. С начала XVI в. в эту интернациональную торговлю в погоне за барышами вклинились первые европейцы — португальцы и испанцы. В 1511 г. португальцы захватили Малакку, главный торговый центр региона того времени, контролировавший Малаккский пролив, основной путь, по которому совершались плавания с Запада на Восток. Перерезав эту торговую артерию, португальцы рассчитывали загнать всю юго-восточную торговлю в принадлежащую им гавань, но их расчеты не оправдались. Хотя португальские корабли стали топить все торговые суда, не заходящие в Малакку, их сил было недостаточно, чтобы подавить местное мореходство во всем регионе. Восточные купцы быстро нашли обходные пути, которые позволяли им миновать Малаккский пролив. Один такой путь стал проходить вдоль западного побережья Суматры, затем вдоль северного берега Явы и оттуда на Сулавеси и острова Пряностей. Другой путь вел из Андаманского моря через территорию Сиама (по рекам и гужевым транспортом) в Сиамский залив, откуда открывался путь на острова Пряностей и на Дальний Восток. Третий такой же (речно-гужевой) путь вел через самую узкую часть Малаккского полуострова — перешеек Кра. Вдоль этих путей образовались новые мощные торговые центры, затмившие постепенно приходившую в упадок португальскую Малакку. На северной оконечности Суматры резко выросло значение порта Аче, центра Ачехского султаната, в первые десятилетия XVII в. подчинившего себе почти все прибрежные районы Суматры, а также значительную часть Малайи. На западной оконечности Явы поднялся порт Бантам, центр Бантамского султаната, который кроме Западной Явы контролировал южные районы Суматры. На северном побережье Восточной Явы выросло несколько богатых торговых городов, важнейшими из которых были Гресик и Сурабая. Центром торговой деятельности на Сулавеси стал Макасар, столица государства Гова. Главными торговыми центрами на материке являлись столица Сиама Аютия и вассал Сиама северомалайское княжество Паттани.