4 марта 1621 г. начались военные действия. Когда голландское судно «Херт» попыталось высадить десант на южном берегу Лонтора у деревни Лакуй, с берега по нему был внезапно открыт артиллерийский огонь. Голландцы понесли большие потери убитыми и ранеными, судно было настолько повреждено, что не могло самостоятельно отплыть. Голландцы утверждали впоследствии, что у пушек стояли английские канониры. Более вероятна, однако, английская версия, что лонторцы наняли португальских «солдат фортуны», бродячих наемников, которых в XVI–XVII вв. было немало в странах Юго-Восточной Азии [242, с. 147–148].
7 марта 1621 г. Кун с основными силами из 17 рот высадился на северном берегу Лонтора, напротив деревни Уртатан. Но когда голландское войско двинулось вверх по крутой дороге, ведущей к деревне, оно оказалось под огнем хорошо замаскированной батареи. Поняв, что без больших потерь к Уртатану не пробиться, Кун приказал отступить на корабли. 9 марта голландский флот снялся с якоря и двинулся вокруг Лонтора, выискивая более удобное место для нападения. 11 марта войско Куна высадилось на западном Лонторе, у главного центра острова — города Лонтор. Город был защищен тремя линиями земляных укреплений, находившимися одна над другой. На нижней стояли полученные от англичан пушки. Не сумев взять Лонтор лобовой атакой, Кун прибегнул к хитрости. В то время как одна часть голландского десанта демонстративно атаковала Лонтор с севера, другая часть зашла с юга и, преодолев покрытую лесом гору, ударила в тыл защитникам Лонтора. После тяжелого боя город был взят [132, с. 195].
После падения города Лонтора часть банданских старейшин дрогнула и стала искать пути к примирению. Они прислали к Куну послов с подарками и предложением кончить военные действия. Кун потребовал от послов выдачи всего оружия, сноса всехбанданских укреплений, а также чтобы каждый старейшина прислал ему сына в качестве заложника. Старейшины долго совещались, а затем прислали Куну некоторое количество мушкетов, большей частью сломанных, и десять сыновей. 17 марта 1621 г. был подписан новый договор с голландской Компанией, на основании которого Кун тут же приступил к строительству на Лонторе большой крепости [242, с. 148].
Между тем сопротивление банданцев далеко еще не исчерпало себя. Беглецы с западного Лонтора, острова Розенгайн и других островов архипелага стали собираться в гористой восточной части Лонтора, центр которой — поселение Селаман не участвовало в переговорах с Куном. В труднодоступных горах они начали строить новые укрепления. Чтобы раз и навсегда покончить с сопротивлением непокорных островитян, Кун решил выселить всех банданцев с их родины, с тем чтобы вновь заселить острова Банда голландскими плантаторами и привозными рабами. Это решение касалось и тех банданцев, которые, прекратили сопротивление или вообще не подымали оружия, как некоторые общины на острове Банда Найра. Голландское командование объявило, что все банданцы, которые не хотят, чтобы с ними поступили, как с врагами, должны явиться с вещами в форт Нассау на Банда Найре. Оттуда они будут переселены в места, назначенные генерал-губернатором. Тому, кто явится, были обещаны жизнь и свобода религии… Часть банданцев, около 800 человек из 15 тыс., подчинилась этому приказу, некоторые пытались бежать морем (но Кун, предвидя такую возможность, распорядился сжечь все прибрежные деревни и находящиеся в них лодки), большинство же присоединилось к укрывавшимся в горах Восточного Лонтора [158, с. 229].