В октябре месяце, в нарастающей революционной сумятице, плотная, коренастая фигура Котовского исчезает из поля нашего зрения. Обо всем, что он делал в это время, о том, как относился к разворачивающимся событиям, как встретил известие об Октябрьском перевороте, мы узнаем только с его слов, а это источник ненадежный. Когда он примкнул к большевикам – неизвестно. В феврале 1918 года он уже воевал на стороне красных во главе собранного им отряда. Но в партию вступил только на исходе Гражданской войны.
В феврале – марте 1918 года он – командир кавалерийской группы в Тираспольском отряде вооруженных сил Одесской советской республики. Название громкое и длинное, а суть простая: несколько сотен, а может быть, десятков удальцов под предводительством славного атамана рубятся как могут с румынами и немцами. Иногда атаман получает приказы от главнокомандующего – Михаила Муравьева. В этих приказах, в телеграфных строчках Муравьев именует его красным командиром. Наверно, в это время на бритой голове атамана появилась фуражка с красной звездой, а на коренастом торсе – кожаная куртка, перекрещенная ремнем и портупеей. Такие куртки до революции носили военные шоферы и летчики. Теперь они стали символом вольного полета командиров красных отрядов.
Немецко-австрийские войска оккупируют Украину, вступают в Одессу; румыны занимают Бессарабию. Следы Котовского вновь теряются. В мае 1918 года его вроде бы видели в Москве. В июле он замечен в Одессе. Поддельный паспорт, вымышленная фамилия. Нападения на гетманские обозы и австрийские военные склады, грабежи богатых, диверсии на железнодорожных станциях, подрыв мостов… Где тут действовал Котовский, где Мишка Япончик, где красные партизаны, где одесские бандиты – разобраться невозможно. Но у Котовского теперь есть знамя – и оно красное. Используя богатый криминальный опыт, он ведет целенаправленную борьбу против знамен всех остальных цветов.
А цвета эти сменяли друг друга как в калейдоскопе. Черно-желтое австрийское и «жовто-блакитное» гетманское (оно же и петлюровское) знамя; русский триколор белогвардейцев и тех же цветов знамя французов; сине-желто-красный румынский флаг и черные полотнища анархистских отрядов. Весной 1919 года, после ухода французских войск, над Одессой замаячили красные знамена Советов. Котовский – военный комиссар, а с июля месяца – командир 2-й бригады 45-й стрелковой дивизии Красной армии. Комбриг.
Во время летне-осеннего наступления Деникина он совершает рейд по тылам петлюровцев и белых, прорывается к Житомиру на соединение с красными. В феврале 1920 года наступает на Одессу и врывается в любимый город со стороны Пересыпи. Потом бросок на Тирасполь, потом Польский фронт: оборона, отступление, наступление. Потом – Петлюра и Тютюнник. Потом – подавление антоновского восстания на Тамбовщине. С декабря 1920 года Котовский комдив, с октября 1922 года – комкор.