Зато среди приближенных ее отстраненного от власти брата зрело недовольство – они сами хотели править страной. Наконец в 48 году до н. э. советник и воспитатель юного Птолемея евнух Потин, полководец Ахиллас и еще несколько придворных малолетнего царя подняли мятеж против Клеопатры, так что юная царица была вынуждена бежать в Сирию. Там она собрала войско, с помощью которого намеревалась вернуть себе трон.
В это время в Египет прибыл Гай Юлий Цезарь, только что победивший своего главного противника, Гнея Помпея Великого, в сражении при Фарсале. Помпей прибыл в Александрию на несколько дней раньше, надеясь получить помощь, но Потин и Ахиллас предпочли не ссориться с Цезарем и незамедлительно убили Помпея. К их удивлению, Цезарь был весьма рассержен: своих врагов он всегда предпочитал уничтожать сам. Воспользовавшись царящей в стране смутой, он решил утвердить там власть Рима: богатый и процветающий Египет был необходим ему, лишь недавно подчинившему себе Рим, и как возможный союзник, и как торговый партнер. Цезарь заявил о своем праве рассудить конфликт между Клеопатрой и Птолемеем: но если Птолемей был неподалеку и смог незамедлительно в сопровождении Потина прибыть к Цезарю, то Клеопатре пришлось добираться до столицы тайком. По преданию, влюбленный в царицу сириец Аполлодор довез ее, одетую как простую служанку, в рыбачьей лодке до Александрии, а затем пронес в покои Цезаря в мешке для постели. В фильмах чаще изображают роскошный ковер, из которого перед глазами Цезаря предстает юная красавица, но историки настаивают на том, что в ковер Клеопатру все же не заворачивали. Впрочем, тем эффектнее было появление Клеопатры, бросившейся к ногам Цезаря и умолявшей его защитить ее права. Можно только догадываться, как именно уговаривала молодая царица великого римлянина, но наутро он официально объявил всей Александрии, что Клеопатра правит Египтом согласно завещанию отца и при его, Цезаря, поддержке.
Историки сходятся на том, что Цезарь был пленен Клеопатрой с первой встречи. Он с молодости славился на весь Рим как ценитель женской красоты и своими любовными похождениями даже завоевал себе прозвище «мужа всех жен», но в зрелом возрасте – а на момент встречи с Клеопатрой ему было около пятидесяти трех лет – научился ценить не только внешнюю привлекательность, но и душевные качества: ум, смелость, находчивость, обаяние и образованность – всем этим Клеопатра обладала в полной мере. Плутарх писал о ней: «Красота этой женщины была не тою, что зовется несравненною и поражает с первого взгляда, зато обращение ее отличалось неотразимою прелестью, и потому ее облик, сочетавшийся с редкою убедительностью речей, с огромным обаянием, сквозившим в каждом слове, в каждом движении, накрепко врезался в душу. Самые звуки ее голоса ласкали и радовали слух, а язык был точно многострунный инструмент, легко настраивающийся на любой лад, – на любое наречие».