.
После окончания войны Алексеев собирался «держать экзамен» в Николаевскую академию Генерального штаба. Пожалуй, главным мотивом для поступления были не сугубо карьерные расчеты, а понимание важности получения разностороннего образования. Ведь рассчитывать на «протекции» по-прежнему не приходилось, а полученные знания были бы весьма полезны для службы в новой, реформированной армии. Но намерения продолжить военное образование осуществились не так скоро, как хотелось бы.
В октябре 1885 г., уже в чине штабс-капитана, Алексеев принял весьма почетную должность командира роты Его Высочества. Хотя и молодой, но вполне достойный офицер, мундир которого уже украшали заслуженные боевые ордена, по праву мог командовать «шефской» ротой. Здесь опыт боевой штабной работы дополнился опытом строевого начальника. Алексеев не стремился отдалиться от солдат. Напротив, его справедливо по тем временам считали «демократом». Командовать ротой, опираясь на авторитет знаний и опыта, не требуя беспрекословного подчинения, без грубых окриков и педантичных требований к исполнению отданных приказов — это отличало нового командира от многих других. Очевидно, сказывалось и происхождение, и воспитание Алексеева, лишенного «кастовых» предубеждений о неизменном превосходстве офицера над «нижними чинами». Алексеев был убежден в том, что помимо соблюдения уставных требований необходимо добиваться взаимного доверия, уважения между солдатом и командиром. Это убеждение подкреплялось его фронтовым опытом, полученным в Русско-турецкой войне. Обоюдное доверие дорого стоило во время военных действий, при постоянном риске, в боевой обстановке.
Ф. Кирилин, служивший под командованием Алексеева, позднее вспоминал, как его, молодого подпоручика, прибывшего весной 1886 г. в полк, расположенный в г. Кобрине Гродненской губернии (Виленский военный округ), удивлял необычный «стиль руководства» ротного командира. «Михаил Васильевич и на новой должности… проявил свои способности, отдавая все свое время и опыт на обучение своей роты и своих офицеров, что было совершенно ново в то время. Он не ограничивался, как другие, казенными часами и установленной программой и обучал и развивал людей но мере возможности… Это не были лекции, это не были уроки, а были беседы; люди это понимали хорошо и, несмотря на кажущуюся суровость Михаила Васильевича, слушатели свободно задавали разные вопросы и получали простые и вполне исчерпывающие ответы». «Беседы велись но всем отраслям», и, но воспоминаниям Кирилина, вчерашние полуграмотные новобранцы разбирались, к примеру, каково происхождение грозовых электрических разрядов. Правда, иногда Алексеев, по тогдашнему выражению, «срывался с нарезов» и терял свое обычное самообладание. «Это бывало обыкновенно после праздников, когда люди… не всегда были внимательны, и учение шло не так, как надо. Тогда М.В., выйдя из себя, кричал, топал ногами, дисциплинарные взыскания сыпались одно за другим». Но подобные приливы гнева быстро проходили, и, стоило роте поправить обучение, как штабс-капитан Алексеев тут же менял свои прежние решения, и рота, «радостно запевая песню, бодро шла домой, зная, что действительно все забыто»