Особое беспокойство генерала по-прежнему вызывала политика немецкого командования. В создании «неказачьих» армий на Дону он подозревал намерение немцев расколоть с таким трудом создающийся единый антибольшевистский фронт, противопоставить армии друг другу, а лозунг восстановления монархии, в сложившихся условиях, используется во вред единству России: «…в Киеве ведется злостная агитация против Добровольческой армии… лихорадочно приступается к формированию особых, так называемых монархических армий, на немецкие деньги и по немецкой программе… Немцы увлеченно хватились за создание так называемой Южной Добровольческой армии, руководимой нашими аристократическими головами, и так называемой Народной армии в Воронежской губернии, где во главе формирований поставлен полковник Манакин — эсер. На эти формирования не будут жалеть ни денег, ни материальных средств».
Алексеев особо отмечал предполагаемое участие графа Келлера в руководстве новыми соединениями: «Во главе Южной армии, а быть может и всех формирований, предположено поставить графа Келлера. При всех высоких качествах этого генерала у него не хватает выдержки, спокойствия и правильной оценки общей обстановки. В конце августа он был в Екатеринодаре. Двухдневная беседа со мной и генералом Деникиным привела, по-видимому, графа Келлера к некоторым выводам и заключениям, что вопрос не так прост и не допускает скоропалительных решений».
«Немецкие деньги» при финансировании новых армий крайне опасны, поскольку «берутся взаимообразно» и «составляют долг государства». «Будет ли это государственный долг, будет ли это субсидия со стороны Германии, наши деятели немецкой ориентации фактически закабаляют Россию на несколько поколений немцам». «Но еще более тревожит, — писал Алексеев Великому князю, — постановка военных и военно-политических задач новыми формированиями. Да, они должны будут вести борьбу якобы с большевиками, но наносить удары и по чехословакам, а, следовательно, и нашей Добровольческой армии, когда она выйдет на Волгу. Какое торжество немецкой политики, когда она незаметно настроит нас друг на друга, тогда как немцы в тиши будут помогать большевикам».
В заключение вышеизложенного Алексеев предупреждал Великого князя об опасности принятия поспешных политических и военных решений. «Деятели Киева и Южной армии мечтают просить Ваше Императорское Высочество стать во главе этих новых формирований. Я должен Вам с полной откровенностью осветить обстановку братоубийственной войны, в которой Вы не можете принять участие». «Мы должны, — заканчивал генерал письмо к своему бывшему начальнику в Ставке, — для предстоящей борьбы сплотить все разрозненные элементы, а не создавать искусственных преград к возрождению России»