Наряду с традиционными методами ведения разведки американцы определенное значение придавали проведению в Афганистане тайных операций военного характера, на что в дополнение к уже утвержденному бюджету ЦРУ Конгресс США выделил 40 млн долларов.
ЦРУ в Афганистане по-настоящему воевало с СССР. Об этом довольно обстоятельно писал в газете «Вашингтон пост» американский журналист Стив Колл. Он сообщал, что в октябре 1984 года военно-транспортный самолет С-141 «Старлифтер», на борту которого находился директор ЦРУ Уильям Кейси, приземлился на базе ВВС южнее Исламабада. Директор ЦРУ совершил эту секретную поездку для планирования стратегии войны против советских войск в Афганистане. Вертолеты доставили Кейси в три секретных учебных лагеря близ афганской границы, где он наблюдал, как повстанцы-моджахеды вели огонь из тяжелого орудия и учились делать бомбы из пластиковой взрывчатки и детонаторов, поставляемых ЦРУ. Во время визита Кейси поразил пакистанских лидеров, предложив им перенести афганскую войну на вражескую территорию – в Советский Союз. Кейси хотел переправлять подрывные пропагандистские материалы через Афганистан в южные республики СССР, где проживает преимущественно мусульманское население. Пакистанцы согласились, и вскоре ЦРУ поставило тысячи экземпляров Корана и другой исламской литературы.
Как рассказал пакистанский генерал Мохаммед Юсаф, Кейси заявил: «Мы можем причинить много вреда Советскому Союзу».
Визит Кейси был прелюдией к секретному решению администрации Рейгана в марте 1985 года, нашедшему отражение в директиве по национальной безопасности № 166 о резком усилении секретных операций США в Афганистане. Оставив политику простого противодействия советским войскам, команда Рейгана тайно решила применить на поле боя в Афганистане американские высокие технологии, чем попытаться деморализовать советских командиров и солдат. Эта новая тайная помощь США началась с увеличения поставок оружия, а также с «непрерывного потока» специалистов из ЦРУ и Пентагона, которые приезжали в секретную штаб-квартиру управления (УМР) Пакистана, находившуюся близ Равалпинди. Там специалисты ЦРУ встречались с офицерами пакистанской разведки и помогали им в планировании операций афганских повстанцев. В сезон боевых действий в Афганистане порой до 11 групп из пакистанского УМР, обученных и снабженных ЦРУ, сопровождали моджахедов через границу для наблюдения за их действиями.
По информации Юсафа и западных источников, эти группы нападали на аэродромы, склады горючего, повреждали линии электропередачи, мосты и дороги. Специалисты из ЦРУ и Пентагона снабжали моджахедов подробными фотоснимками со спутников и планами советских целей вокруг Афганистана, передавали американские радиоперехваты переговоров советского командования на поле боя.