Спецназовцы утром разоружили остатки бригады охраны. Более 1700 человек афганцев было взято в плен. Однако и здесь не обошлось без потерь. В частности, когда в здании штаба бригады охраны появился белый флаг, то из подъехавшей к нему БМП выскочил замполит роты и двое солдат (хотя было указание из машин не выходить). С крыши глинобитного строения, где размещалась личная охрана Амина, раздалась пулеметная очередь, и все трое погибли.
Убитых афганцев, в том числе и двух малолетних сыновей Х. Амина, закопали в братской могиле неподалеку от дворца Тадж-Бек (впоследствии, с июля 1980 года, там располагался штаб 40-й армии). Труп Амина, завернутый в ковер, еще ночью под руководством замполита батальона капитана Анвара Сахатова был погребен там же, но отдельно от остальных. Никакого надгробия ему поставлено не было. Оставшиеся в живых члены его семьи были посажены в тюрьму Пули-Чархи, сменив там семью Тараки.
Даже дочь Амина, которой во время боя перебило ноги, оказалась в камере с холодным бетонным полом. Но милосердие было чуждо людям, у которых по приказу Амина были замордованы их близкие и родственники. Они жаждали мести.
В середине дня 28 декабря командование «мусульманского» батальона прибыло в здание советского посольства в Кабуле.
Сперва доложили генерал-полковнику С.К. Магометову и резиденту ГРУ о выполнении задачи. Затем полковник В.В. Колесник связался с Москвой из кабинета посла и доложил генералу армии П.И. Ивашутину о результатах операции, одновременно предложив ему вывести батальон из Афганистана в Чирчик. Начальник ГРУ ГШ распорядился решать этот вопрос с командованием ТуркВО.
Я сел писать подробную шифровку в Москву. Помню, что во всех докладах командиров штурмовых групп подчеркивалось: «Претензий к десантникам нет. Молодцы». Шифровка заняла несколько страниц. В ней были перечислены наиболее отличившиеся при штурме дворца Тадж-Бек сотрудники групп «Гром» и «Зенит», а также десять офицеров и солдат «мусульманского» батальона. Это было мое предложение. Наградные же стали писать в Москве во второй половине января 1980 года.
Вечером произошел случай, чуть было не стоивший жизни всем непосредственным руководителям операции «Шторм-333». Они возвращались в расположение батальона на правительственном «Мерседесе» и, хотя заранее согласовали сигналы с генерал-лейтенантом Н.Н. Гуськовым, возле здания Генштаба ВС ДРА были обстреляны своими же десантниками. Спустя годы генерал-майор Василий Васильевич Колесник вспоминал: «Раздалась автоматная очередь. Первые пули впились в землю перед машиной, затем трасса пуль стала подниматься, машина вдруг резко остановилась и заглохла. Мы стали кричать, что свои. И после обмена паролями стрельба прекратилась». Олег Ульянович Швец выскочил из машины и бросился за придорожные кусты. Послышались возня и звук оплеух.