Главным событием третьего периода войны стал вывод из Афганистана во второй половине 1986 года шести полков 40-й армии (двух мотострелковых, танкового и трех зенитно-ракетных). В результате чего численность личного состава уменьшилась на 15 тыс. человек, танков — на 53 единицы, БМП (БТР) — на 200 единиц.
Начало четвертому периоду было положено в декабре 1986 года Чрезвычайным пленумом ЦК НДПА, который провозгласил курс на национальное примирение. К этому времени здравомыслящим людям стало ясно, что военного решения афганской проблемы не существует. Принятие курса «национального примирения» отражало реально сложившуюся в стране обстановку, когда невозможно было достичь окончания войны военными средствами. Однако воплощение политики примирения в жизнь стало возможным только после проведения по инициативе Советского Союза целого комплекса предварительных мер, создавших для этого необходимую почву. Главным и решающим шагом было согласованное с афганским руководством решение правительства СССР о начале вывода советских войск из Афганистана при условии прекращения вооруженной помощи афганским мятежникам со стороны Пакистана и других стран. Новое политическое мышление, предусматривающее отказ от военных методов решения спорных международных вопросов, с которым выступил Советский Союз, привело в Женеву за стол переговоров правительства Афганистана и Пакистана при участии СССР и США. Результатом этих переговоров стало подписание Женевских соглашений по вопросам политического урегулирования положения вокруг Афганистана.
Начиная с января 1987 года советские войска практически прекратили наступательные боевые действия и вели бои только в случае нападения на них мятежников. Исключение составляет проведенная в 1987 году крупнейшая за все время войны в Афганистане совместная операция советских и афганских войск «Магистраль» в провинции Пактия по доставке народно-хозяйственных грузов из Гардеза в Хост с разгромом крупных сил мятежников, блокировавших дорогу, в которой участвовали силы пяти дивизий. В последующем действия советских войск свелись к контролю за основными жизненно важными участками дорог, подготовке и обеспечению выхода из Афганистана.
В 1988 году правительство Наджибуллы лихорадочно искало пути претворения в жизнь политики национального примирения. В партийной жизни основной задачей стало укрепление и консолидация рядов НДПА. Во внешней политике был взят курс на развитие отношений со всеми странами, неприсоединения ни к каким блокам. В военной области продолжились мероприятия по превращению армии в силу, способную самостоятельно защитить существующую в стране власть. Однако ни одно из проведенных мероприятий на практике не приблизило конец войны.