Реформы, начатые Тараки, также не нашли должной поддержки среди членов правительства, в народе и в армии. Волны недовольства всколыхнули новые силы и подняли на поверхность новых лидеров, наиболее активным из которых оказался X. Амин, 14 октября 1979 г. совершивший очередной государственный переворот и узурпировавший власть в стране. Н. М. Тараки был зверски убит сторонниками Амина. Новая волна репрессий захлестнула страну и армию. Однако это не смогло обеспечить должную жизнеспособность нового режима, которому противостояли скрытая правительственная и открытая вооруженная оппозиция, причем последняя набирала все большую силу и размах.
Первоначальную основу вооруженной оппозиции составило движение исламских фундаменталистов, возникшее в середине 1960-х годов и выдвигавшее идеи возрождения фундаментальных основ ислама и очищения его от более поздних наслоений. В 1968 г. сторонники фундаментализма объединились в союз «Мусульманская молодежь», который ставил перед собой задачи борьбы с любым правящим в стране режимом, который бы потворствовал модернизации ислама и проникновению в страну коммунистических идей. Эта программа поставила их в ряды непримиримой оппозиции по отношению ко всем последующим режимам, на короткое или продолжительное время захватившим власть в Афганистане.
В июне 1975 г. фундаменталисты пытались свергнуть правительство М. Дауда, начав повстанческие действия в ущелье Панджшер (100 км севернее Кабула) и в ряде провинций страны. Однако правительственные войска сравнительно легко разгромили повстанцев, значительная часть которых покинула страну и обосновалась в Пакистане, где получила полную свободу действий. К маю 1978 г. на территории Пакистана была создана первая база-центр для подготовки формирований для вооруженных действий на территории Афганистана. В последующем подобные центры были созданы на территории Ирана, а также в Саудовской Аравии и в Египте. Основным источником формирования боевых действий отрядов фундаменталистов был все нарастающий поток беженцев из Афганистана, общая численность которых к осени 1979 г. составляла несколько сотен тысяч человек.
Другим мощным источником формирования рядов вооруженной оппозиции были сепаратистские движения национальных меньшинств, которые активно сопротивлялись захватившему власть в стране пуштунскому большинству. При участии двух этих сил в октябре 1978 г. началось вооруженное выступление в Нуристане, в марте 1979 г. вспыхнул мятеж в Герате, затем в апреле — мае в Баглане, Урузчане, Фарахе, Бадчисаре, Гуре, Логаре, а позднее по цепочке в ряде других провинций Афганистана.