Как ни странно, Главное командование ОВС государств — участников Варшавского договора, будучи одним из инициаторов создания главных командований направлений, с появлением последних стало всячески препятствовать их контактам с руководством союзных армий. И Генеральный штаб Вооруженных сил СССР к тому времени не выработал более четких установок по этому поводу, занимая как бы двойственную позицию в отношении новых органов управления. Любые контакты с генеральными штабами союзных армий должны были предварительно санкционироваться Генеральным штабом в Москве. Все это не могло не сказываться негативно на общих делах.
В силу ряда объективных, а больше всего субъективных причин радикальных крупномасштабных реформ в армии и на флоте в те годы не удалось провести, взял верх консерватизм центра. Почти все проведенные в Вооруженных силах оргмероприятия, о которых упоминалось вначале, были отменены, и все отброшено назад. Это было крупной ошибкой, ибо затормозило развитие Вооруженных сил на многие годы. Одновременно началась сплошная замена руководящего состава главных командований направлений, неоднократная смена командующих группами войск, военных округов и Балтийского флота, а также высших должностных лиц Министерства обороны и Генерального штаба.
В конце 1988 года, в одно и то же время (одновременно), были отправлены в отставку главнокомандующие войсками трех направлений (Западного, Юго-Западного и Южного), начальники штабов и начальники политических управлений названных главкоматов. Осенью того же года переводится в группу генеральных инспекторов начальник Генерального штаба, а Главком Сухопутных войск отправляется в отставку. Годом позже, также в одно и то же время, переводятся в группу генеральных инспекторов Главком и начальник штаба ОВС стран — участниц Варшавского договора, а также Главком ВВС…
К этой кадровой перетряске следует добавить тот факт, что за четыре года (с 1984 по 1988 г.) четыре раза сменились главнокомандующие Группой советских войск в Германии, трижды менялись командующие Северной и Центральной группами войск, Белорусского и Прикарпатского военных округов. Что это такое — объяснений не требует, да и вряд ли это было вызвано необходимостью укрепления руководства Вооруженными Силами, скорее наоборот — их ослаблением.
Произошло сокращение численности главкоматов направлений, вывод из их непосредственного подчинения военных округов (групп войск). Все это впоследствии превратило главные командования лишь в формальные органы руководства, а с распадом стратегической группировки советских и союзных войск в Восточной и Центральной Европе управление главного командования войск Западного направления было упразднено.