Но наибольшее влияние оказал на Сковороду великий русский мыслитель-материалист М. В. Ломоносов. Следуя за ним, украинский философ признал несотворимость и неуничтожимость материи и вечность природы в пространстве и во времени.
Великолепно образованный человек, Сковорода в совершенстве знал многие древние и новые европейские языки, древнегреческую и римскую философию и литературу — Гераклита, Эпикура, Платона, Аристотеля, Сенеку, Лукреция Кара и других, неоднократно ссылался на них в своих произведениях, при этом часто критикуя их. Он стоял на уровне высших достижений науки и естествознания своего времени, следовал учению Коперника и признавал бесконечное множество миров.
В песне 28-й Сковорода делает сноску, в которой пишет: «Коперник есть новейший астроном. Ныне его систему, сиречь план, или типик, небесных кругов весь мир принял» (15, стр. 51–53).
Ф. Энгельс называл открытие Коперника «революционным актом», а его произведение — «бессмертным творением» (5, стр. 347), которым он «бросил вызов церковному суеверию» (5, стр. 509), «церковному авторитету в вопросах природы» (5, стр. 347) и дал «отставку теологии» (5, стр. 350).
Сковорода не побоялся проповедовать учение Коперника, от которого «начинает свое летосчисление освобождение естествознания от теологии» (5, стр. 347), несмотря на то что синод в декабре 1756 г. еще раз подтвердил свои предыдущие указы «о запрещении во всей России писать и печатать о множестве миров» (49, стр. 19). Украинский мыслитель неоднократно ссылался во многих своих философских произведениях на Коперника, «коперникианские миры», «коперникианскую систему».
Любовь к науке сквозит во всех произведениях и частной переписке Сковороды. В письме к М. Ковалинскому он писал: «Кто помышляет о науке, тот любит ее» (16, стр. 213). В другом письме философ ставит свое дружеское расположение к человеку в прямую зависимость от приверженности последнего к науке (16, стр. 245).
Сковорода вышел далеко за пределы того, что дали его предшественники в украинской общественной мысли. Став на путь борьбы против мистицизма и суеверий, он обратился к реальной природе, обществу и человеку, но все же не смог преодолеть идеализма. В этом нет ничего удивительного, ибо в XVIII в. «наука все еще глубоко увязает в теологии» (5, стр. 349).
Если Сковорода не смог окончательно порвать с религиозными предрассудками, то это было своеобразной формой выражения бытовавшей тогда позиции «двойственной истины», оправдывавшейся условиями того времени. В своей философской системе Сковорода и выразил этот дуализм истины, который объективно играл прогрессивную роль, ограничивал религию, предоставляя простор для разума и научного исследования природы.