Напоминая Ковалинскому переяславский инцидент, Сковорода с презрением отзывается о духовном «начальстве», в том числе и о епископе Никодиме Стребницком: «…переяславские мыши были причиной того, что я был выброшен с большими неприятностями из семинарии» (16, стр. 295). Противниками Сковороды были не только «переяславские мыши», но и харьковские, и белгородские, и другие представители духовной знати. Только через сто лет после смерти Сковороды стало известно, что на него было заведено «секретное дело», в котором он обвинялся в антиправительственной и антицерковной деятельности (см. 30, стр. 235, 237–239).
Преследования светской и духовной власти были ответом на прогрессивную деятельность философа, на его антиклерикальные взгляды, на его протест против существовавших порядков. Но никакие гонения не могли сломить его дух: «Помни, что наша жизнь — это беспрерывная борьба»; спасай себя и народ — «куй себе меч» (16, стр. 356), чтобы противостоять тирании и «житейскому морю», полному низменных соблазнов.
Буржуазные исследователи пытались затушевать социальный протест Сковороды, изменение взглядов мыслителя в сторону еще более острой постановки социальных вопросов, становление материалистической тенденции в его философских воззрениях.
В 1766 г. философ, гонимый власть имущими, окончательно покидает Харьковский коллегиум, уходит в народ и на протяжении почти трех десятков лет, до последних дней своей жизни, остается с народом. Странствуя по селам и городам Слободской Украины, он проповедует свои взгляды не только произведениями, но и живым словом, делом и образом жизни. Жизнь его была воплощением протеста против гнетущей действительности того времени.
Уже в начале своей творческой деятельности, в своих первых идейных поисках Сковорода стремился к «истине», «правде». Затем, находясь среди народа, он убедился в том, что «истину» и «правду» нужно искать именно в служении народу. Общение с украинским крестьянством сыграло огромную роль в дальнейшем развитии взглядов Сковороды. В постановке социальных вопросов он переходит на значительно более реалистические позиции, многие животрепещущие общественные вопросы своего времени ставит гневно, остро, а в философских взглядах приходит к признанию одного из основных положений Ломоносова — вечности материи.
Он пошел в народ с критикой существовавших порядков, с критикой официальной церкви, духовенства, религии и Библии. В то время в самой жизни общества еще не созрели необходимые условия для практического отрицания религии. Социальные корни, питавшие религиозные воззрения, оставались вплоть до Великой Октябрьской социалистической революции. Поэтому его борьба против официальной религии все же не вышла за рамки религиозного мышления и приняла характер резко выраженного воинствующего антиклерикализма. Последний был вполне закономерным проявлением идейного знамени почти всех крестьянских движений и крестьянского протеста против феодализма. Выразители этого протеста пользовались «той же самой христианской фразеологией, которой долгое время должна была прикрываться и новейшая философия» (2, стр. 371).