К теории «трех миров» Сковорода пришел не сразу. Правда, еще на заре своего творчества он считал, что человек — это целый «мирик», а Библия — «мир символов». Однако это был лишь первый набросок теории «трех миров». По мере дальнейшего развития взглядов философа все более четко вырисовывалась эта теория; ее смысл заключается в том, что естественная природа «макромира» преломляется и продолжается в «микромире», в человеке.
Человек, микромир не сверхъестественный феномен, не нечто случайное и не продукт божественного творения, напротив, его «естество», «природа», «натура» есть закономерное продолжение «макромира», мира «обительного», общей природы вещей. Все неживое и живое на небесах и на земле подчиняется единым естественным законам. Противоестественное — выдумка праздных умов и лжецов.
Обращаясь к реальной природе, человеку, отбрасывая церковную схоластику, мыслитель все же не в состоянии был расстаться с религиозными традициями. Поэтому он стремился найти место для Библии в своем представлении о мире. В результате он создает теорию так называемого «третьего мира», «мира символов», которым и является Библия. Желая видеть в Библии нечто рациональное, он пытался аллегорически толковать ее сказания. Он резко выступал против официальной религии и дословного понимания Библии. Он разоблачал библейские сказания о сотворении мира как «бабские сказки» и хотел придать Библии новое, «разумное», аллегорическое толкование. В этом случае она якобы может стать источником познания «макро»- и «микрокосмоса».
Его противоречивое отношение к религии и Библии является одной из основных форм проявления противоречивости его мировоззрения, его колебания между идеализмом и материализмом. Эта противоречивость и колебание нашли свое выражение в теории «двух натур».
Согласно этой теории, каждый из трех миров обладает «внешней», «видимой», «материальной» природой («натурой») и «внутренней», «невидимой», «духовной» природой («натурой»). Впервые теория «двух натур» была высказана Сковородой в одном из первых его произведений — «Начальная дверь ко христианскому добронравию»: «Весь мир состоит из двух натур: одна — видимая, другая — невидимая» (15, стр. 16). Эту мысль он далее развивает в произведении «Беседа, нареченная двое». Здесь он уже резко расчленяет весь мир на два мира: на мир внешний, материальный и мир внутренний, духовный: тот «глуп, кто двое нащитать не умеет», «нужно везде видеть двое» (15, стр. 171): «мир и мир, тело и тело, человека и человека, — двое в одном и одно во двоих, неразделно и неслитно же» (15, стр. 175).