Стремление остановить познавательный процесс на внешней стороне явлений он высмеивал как детское, мнимое познание: «Не тот мне знаток в корабле, кто перечол и перемерил каюты и веревки, но кто познал силу и природу корабля: тот, разумея компас, разумеет путь его и все околичности» (15, стр. 318). Останавливающийся на поверхностной стороне явлений «подобно как младенец рыдает о разбитом орехе, не понимая, что орешная сущая иста состоит не в корке его, но в зерне, под коркою сокровенном, от котораго и самая корка зависит» (15, стр. 48). Отрицательное отношение к поверхностному пониманию природы и познавательного процесса привело мыслителя к очень широкому и далеко идущему обобщению, а именно: «…хотя бы ты все Коперникианскии мыры перемерил, не узнав плана их, который всю внешность содержит, то бы ничего из того не было» (15, стр. 41). Только распознание внутреннего «плана», «натуры», «закономерности» есть истинное познание.
Не отождествляя «видимое», «внешнее» с «сущей истой», «планом», философ вместе с тем не вырывал непроходимой пропасти между ними и считал первое внешней формой проявления второго. Он утверждал, что внутренняя закономерность предметов не может проявляться иначе, чем она проявляется. Формы проявления «сущей исты», «плана» не случайны, а закономерны. Из признания безусловной познаваемости мира закономерно следовал вывод, что всякая «тайна» имеет свою «истину», по которой она распознается и в которой проявляется.
«Истиной» Сковорода считал сущность предметов, их «план», «натуру», «ипостась», «закономерность», «начало». Но как уже установлено, противоречивость его философских взглядов и решения им основного вопроса философии была перенесена именно в область «начала», так как в одном случае он считал «начало» «духовным», «божественным», в другом — вполне реальным, материальным, т. е. внутренней закономерностью материальной природы. Это нашло свое выражение в гносеологии мыслителя; в этом была ограниченность его теории познания, ее противоречивость, обусловившаяся колебанием мыслителя между идеализмом и материализмом.
Сковорода понимал, что содержание, вкладываемое в искомое им «начало», было противоречивым, что высказанные им в одной фразе положения исключают друг друга. Одно положение, что мир есть «тень божия», было несовместимым и исключало другое его кардинальное положение, высказанное тут же: «…и давно уже просвещенный сказали весть сию: Materia aeterna — „вещество вечно есть“, сиречь, все места и времена наполнила. Един точию младенческий разум сказать может, будьто мыра, великаго сего идола и Голиафа, когда-то не бывало или не будет» (15, стр. 552). Далее он назвал это «младенческою лжею». Таким образом, с одной стороны, внутренняя сущность предметов есть не что иное, как «форма»: «Сии формы у Платона называются идеи, сиречь, видения, виды, образы. Они суть первородный мыры нерукотворенныя, тайныя веревки, преходящую сень, или материю, содержащия» (15, стр. 539), с другой — по поводу искомых закономерностей в природе он восклицал: «Закон же сей что есть, если не владеющая тлением господственна природа, названа у древних отцов… „трисолнечное единство и естество“? Сия единица всему глава, а сама безначальная ни временем, ни местом, ни полом не ограниченная, ни именем» (15, стр. 318). Такова была двойственность, противоречивость его понимания «начала».