В 2003 году Ходорковского посадили. Ермолин к тому времени был одним из руководителей благотворительного фонда «Открытая Россия», который возглавлял лично Ходорковский, и «Новая цивилизация» была лишь одним из образовательных проектов, финансируемых фондом.
Еще Ермолин был депутатом Государственной думы от прокремлевской партии «Единая Россия». Рекомендовала Ермолина в депутаты компания ЮКОС, и Анатолий спокойно относился к тому, что крупные компании проводят в парламент своих лоббистов. ЮКОС Ермолину ничего не приказывал, предоставлял действовать по своему усмотрению, просто усмотрения ЮКОСа в основном совпадали с усмотрениями Ермолина.
Прежде чем баллотироваться, Ермолин сходил в Кремль на собеседование, ибо в Кремле, а не на избирательных участках решалось, станет человек депутатом или нет. Бывший офицер спецназа в Кремле понравился. Да и ему самому не было противно беседовать с кремлевскими чиновниками: в основном они были из знакомой Ермолину по службе на Кавказе породы офицеров ФСБ. Ермолин полагал, что президент Путин выстраивает вертикаль власти в стране точно так же, как Ходорковский выстраивал вертикаль управления в своей нефтяной компании. Выстроил, навел порядок и стал делегировать своим подчиненным полномочия, включая право на ошибку. Ермолин думал, что то же самое делает Путин со страной.
Он даже не очень беспокоился, когда арестовали Ходорковского. На Ходорковского работали лучшие адвокаты. Обвинение было несостоятельно даже и на первый взгляд. Были все основания думать, что миллиардер отобьется в суде от обвинений и жизнь потечет по-прежнему.
Но после Беслана Ермолин вдруг понял, что нет. После того как террористы захватили в североосетинском городе школу и было триста погибших заложников, Ермолин увидел, что власть не собирается наводить никакого порядка, не имеет никакого плана и никакой стратегии, и она никого не жалеет и просто давит всех своих оппонентов в блин паровым катком.
Там, в Беслане, погибло тринадцать боевых товарищей Ермолина из отряда «Вымпел» – невиданные для спецназа потери. Офицеры «Вымпела», вернувшиеся из Беслана, рассказывали Ермолину, что не было никакого плана освобождения заложников, и не готовился никакой штурм, и не было ни единоначалия, ни разведки, ни здравого смысла, ни даже просто жалости к захваченным в заложники детям. Была просто трусость и бардак, так они говорили.
Единственное разумное решение, принятое штабом, заключалось в том, чтобы отвести бойцов «Вымпела» и «Альфы» на расстояние пятнадцати минут езды от школы на машине. Профессионалы понимали, что у засевших внутри школы террористов есть наверняка снаружи информаторы, которые докладывают, что происходит по периметру, за оцеплением. Чтобы террористы не подумали, будто начинается штурм, и не подорвали свои развешанные над головами детей бомбы, «Вымпел» и «Альфу» отвели подальше, оставив у школы только нескольких спецназовских наблюдателей.