Менжинский как особоуполномоченный на каждого из главарей и активных участников составлял заключение о степени их виновности, которое передавалось на рассмотрение Президиума ВЧК.
Вместе с Артузовым он продолжал оперативное изучение шпионской организации. Допросами Роменского и других участников организации удалось установить шпионскую сеть, выявить каналы связи и переправы шпионских донесений через фронт, удалось также выявить честных ротозеев из штабов, которые своей беспечной болтовней способствовали утечке секретных сведений.
После долгих запирательств Роменский признался, что на концерте Кусевицкого вместе с Наталией Владимировной Анципо-Чикунской встретился с активным участником шпионской организации Калашниковым, что у него на связи состоял шпион Галунский, пробравшийся с помощью организации на пост помощника начальника кодификационного отдела управления делами Реввоенсовета, что сводку о положении армий и дивизий на фронте к 15 августа он получил от Бабикова, что именно Бабиков указал ему, Роменскому, что за линией фронта он может явиться к деятелям деникинского правительства Астрову или Лукомскому и сказать им всего три слова: я от Бабикова, — чтобы быть принятым ими.
В ходе следствия были нащупаны следы к двум машинисткам из Полевого штаба в Серпухове, тем двум кулуарным шпионам в Полевом штабе, о которых говорилось в заключении члена Реввоенсовета Республики С. И. Гусева. Эти машинистки снабжали шпионской информацией членов организации.
Оказалась шпионкой и Евгения Иосифовна, а не Елена Осиповна, как ее умышленно называл в своей записке Роменский. Шпионские сведения, получаемые от генерала Бабикова, эта сорокасемилетняя дама, жена бывшего помещика, дворянина Лебедева, служившая в канцелярии Военно-законодательного совета, передавала Роменскому.
Особому отделу в результате мер следственного и оперативного характера стали известны общефронтовой пароль, которым пользовались агенты интервентов и белогвардейских генералов, пароль для перехода линии боевых действий на Западном и Северном фронтах, а также пароль к предателю Герцу, который занимался переправкой деникинских агентов через фронт.
Сотрудниками Особого отдела был арестован проживавший в Москве нелегально Василий Васильевич, курьер Колчака, оказавшийся Мишиным. Чтобы замести следы, он изменил внешность, сбрил свою рыжеватую бородку и сменил желтую кожаную куртку на костюм и демисезонное пальто.
Менжинскому и Артузову также стало известно, что скрывшийся от ареста член штаба Тихомиров изыскивает возможность нападения на ВЧК силами роты огнеметчиков и отряда Главсахара, где еще сохранились члены и агенты белогвардейской организации.