Попытка униатов овладеть монастырем кончилась безуспешно в 1598 году. Более счастливые времена для обители начались с присоединением Малороссии к России, но пожар 1718 года опять разорил ее, уничтожив древние грамоты, сокровища и библиотеку. Благодаря Петру Великому, монастырь вскоре был восстановлен, а в 1786 году утвержден в степени лавры.
Уже при преподобном Феодосии в обители возник кружок любителей просвещения, во главе которого стоял сам преподобный. Они собирали книги, читали их, переписывали и переплетали. Летописец Нестор свидетельствует, что сам Феодосий нередко прял нитки для переплета книг. О другом иноке Григории известно, что он ничего не имел у себя, кроме книг, и ворвавшиеся однажды в его келью воры ничего не нашли и вынуждены были уйти ни с чем. Среди духовных писателей домонгольского периода прежде всего известны проповедники преподобный Феодосий и Кирилл Туровский. Известны и представители исторической письменности. Первое место среди них по праву занимает Нестор, составитель жития Феодосия, жития Бориса и Глеба и известной летописи «Повесть временных лет», в которой повествует об истоках возникновения Руси, Киева, о том, как крестился святой Владимир с подданными и о других событиях до 1111 года, рассматривая все события с религиозной точки зрения. Другие памятники исторической литературы принадлежат Иакову Черноризцу, описавшему мученическую кончину Бориса и Глеба, и Поликарпу и Симону, епископу владимирскому, написавшим жития многих печерских угодников.
В обитель ведут двое ворот: святые и экономические. Перед святыми воротами расположена Великая церковь, освященная в честь Успения Богоматери. Она построена в XI в. и возобновлена в XVIII в. У южной стены главного иконостаса покоились в кованой серебряной гробнице глава святого равноапостольного князя Владимира и под спудом мощи преподобного Феодосия Печерского, а у северной стены иконостаса мощи святого Михаила, киевского митрополита. Над царскими вратами главного алтаря Великой церкви находилась древняя чудотворная икона Успения Богоматери – главная святыня лавры. В приделе во имя святого Иоанна Богослова у северной стены помещалась Игоревская местночтимая икона Божией Матери.
На хорах Великой церкви хранилась библиотека, высочайшие грамоты, рескрипты и разные старинные документы, священные предметы: Евангелия, напрестольные и ручные кресты, потиры, дарохранительницы, панагии, наперсные кресты, митры, палицы и облачения.
У входа в братскую трапезу погребены Василий Кочубей и Иван Искра, казненные гетманом Мазепой за их донос на него Петру Великому.