Назначение Щегловитова вызвало неоднозначную реакцию. У одних сдержанную, у других – откровенно враждебную. С. Ю. Витте писал впоследствии: «Это самое ужасное назначение из всех назначений министров после моего ухода, в течение этих последних лет и до настоящего времени. Щегловитов, можно сказать, уничтожил суд».
Если в молодости И. Г. Щегловитов ратовал за судебную независимость, приветствовал демократические преобразования, то теперь, утвердившись в должности министра юстиции и генерал-прокурора, он, по словам современников, «круто повернул вправо». Он перестал считаться с принципом несменяемости судей и судебных следователей, зачастую изгонял со своих мест неугодных ему судебных работников и прокуроров, а на руководящие должности подбирал людей «более твердых, более монархически настроенных».
На одном из заседаний Государственной думы Щегловитов сказал: «Тяжелые годы смуты и политического шатания возлагали на Министерство юстиции сугубые обязанности ограждения русского суда от засорения всем тем, что отражает в себе колеблющееся, меняющееся общественное движение и настроение и партийные вожделения. Между тем общее политическое шатание не может не коснуться суда, как ни прискорбно это явление. Волны бушующих политических страстей докатились и до святой храмины правосудия…
Нападки на меня не смущают, они бледнеют и гаснут перед величием лежащей на мне обязанности охранить тот храм, который именуется храмом правосудия, во всей чистоте». Однако очевидно было, что Щегловитов уже не чувствует себя не только проводником законов и их исполнителем, но считает себя вправе относиться к нему избирательно, решая, что целесообразно в сложившейся ситуации, а что нет.
Деятельность Щегловитова подвергалась критике со всех сторон. Социал-революционеры, считая Щегловитова главным проводником репрессий в стране, вынесли ему смертный приговор и долгое время «охотились» за ним, но все их попытки не увенчались успехом.
По мнению современников, щегловитовская юстиция самым печальным образом отразилась на деятельности тогдашнего суда. Никогда еще со времени введения Судебных уставов 1864 года судебные установления не падали так низко в общественном мнении. Современник считал, что при нем «вплоть до Сената судебные учреждения насквозь пропитались угодливостью, разлагающей все устои правосудия».
С именем Щегловитова прочно связано и так называемое одиозное дело Бейлиса, который в конце концов оказался оправданным, несмотря на все подлоги и подтасовки.
В июле 1915 года, под давлением демократических кругов, император вынужден был отправить Щегловитова в отставку с поста министра юстиции (сохранив ему остальные должности). Однако вскоре он опять возвысился. В январе 1917 года Шегловитову довелось стать последним царским председателем Государственного совета.