В 1689 году Паткуля избрали вместе со старшим ландратом и асессором Дерптского суда, бароном Будбергом, в депутацию от дворянства Лифляндии к шведскому королю с целью просить Карла XI о восстановлении нарушенных прав и привилегий лифляндского дворянства. 18-го ноября 1691 года Паткуля принял-таки шведский король, и энергичный полунемец-полулетгалл со всем своим адвокатским красноречием доказывал Карлу XI необходимость отмены редукций, ссылаясь на привилегии дворянства и бедственное положение страны.
Затем вновь неприятная судебная история: в следующем году по поручению трех капитанов своего полка Паткуль написал жалобу на обер-лейтенанта Гельмерсена. Губернатор Лифляндии Гастфер усмотрел в подаче жалобы государственное преступление и приказал отдать подателей под военный суд. Паткуль, видя, что судьи одновременно выступали и обвинителями, решил бежать, что и с блеском исполнил, уехав в Курляндию… Оттуда он вновь написал Карлу XI письмо, в котором старался оправдать свой побег, жаловался на Гастфера и просил охранной грамоты для приезда в Лифляндию. Между тем несогласия между лифляндскими чинами и шведским двором дошли до того, что было велено первых предать суду за неповиновение. Паткуля вызвали в Стокгольм. Но в столицу он не поехал. Вновь бежал, но уже вон из страны «трех корон», в Германию.
Паткуль за побег был приговорен к лишению правой руки, чести, имений и жизни, и во всех шведских владениях было объявлено о бегстве его и назначена премия за его голову. Уезжая, Паткуль оставил два письма: одно оправдательное, другое — на имя Карла XI с просьбой о помиловании. Однако бумаги, которые, по его мнению, могли служить к его оправданию, он все же прихватил с собой…
В 1698 году по предложению генерала Флемминга Паткуль поступил с чином полковника на службу к саксонскому курфюрсту Фридриху Августу, новоиспеченному королю Речи Посполитой. Ему Паткуль постоянно внушал мысль о необходимости войны со Швецией, доказывая, что тотчас после объявления войны вся Лифляндия восстанет против шведов.
— Лифляндия? — хитро щурил глаза Август. — Мне плевать на нее! А вот Рига, немецкий город, меня интересует!
— Рига за вас! — убеждал Паткуль. — Там почти одни немцы живут, а вы ведь тоже немец. Они вас за своего человека считают!
— А раз так, — продолжал предательски морщить нос Фридрих, — то давайте секретным циркуляром пропишем в договоре, что Рига переходит даже не к Речи Посполитой, а лично ко мне. Я и мои потомки будем владеть этим портовым городом.
— Хм, — почесал мужественный подбородок Паткуль, явно задумавшись, — в принципе, Риге все равно, но боюсь, что большинство этот факт отпугнет. Думаю, что уладить сей момент можно, но посвятить в него лишь одного губернатора. Ну и еще парочку верных ему людей с выгодой для них.