Длительные коллективные раздумья привели к тому, что наиболее подходящими кандидатами были выбраны В. Путин, И. Сечин, Г. Греф, В. Христенко, А. Кудрин. Для каждого из названных потенциальных свидетелей имелось обоснование, представленное суду.
Владимир Путин. Адвокаты направили на имя тогда еще председателя правительства адвокатский запрос с просьбой подтвердить готовность явиться по вызову суда и ответить на вопросы участников судебного разбирательства. По поручению аппарата правительства ответ в наш адрес направило Министерство юстиции РФ, сославшееся на нормы, регламентирующие процессуальный порядок вызова свидетеля в суд. Данная переписка, предоставленная в распоряжение суда, свидетельствовала, на взгляд защиты, о готовности главы правительства явиться по повестке и дать показания.
В содержательной части защита обозначила, в связи с чем необходим вызов и допрос премьер-министра. Михаил Ходорковский еще 31 марта 2009 года заявил, что считает необходимым пригласить Владимира Путина в суд прежде всего потому, что ранее лично докладывал ему, как президенту, «куда поставлялась нефть, на что расходовались денежные средства компании “ЮКОС”». Эти обстоятельства, безусловно, входят в число подлежащих доказыванию в рамках предъявленного по делу обвинения в хищении нефти и легализации вырученных от ее продажи денежных средств. Кроме того, из показаний Ходорковского следовало, что в целях установления истины по делу у Владимира Путина надлежало выяснить обстоятельства и характер знакомства с Михаилом Ходорковским, источники и сущность его осведомленности о проблемах нефтяной компании «ЮКОС», включая вопросы налогообложения и ценообразования.
Защита не скрывала, что в ходе допроса свидетеля ему будут предъявлены: приобщенное к уголовному делу письмо министра финансов Алексея Кудрина, которым он 1 февраля 2003 года сообщал президенту Владимиру Путину о погашении требований государства к ОАО «Банк Менатеп», письмо Михаила Ходорковского на имя президента от 20 декабря 2002 года о погашении неоплаченных требований федеральных органов после завершения банкротства банка «Менатеп», а также упоминавшаяся Ходорковским в ходе дачи им показаний аналитическая справка 2000 года, подготовленная министрами Грефом и Букаевым на имя Путина по вопросу оптимизации налоговых обязательств нефтяными компаниями.
Игорь Сечин. Вторым интересовавшим защиту правительственным лицом был заместитель председателя Правительства Российской Федерации, являющийся также председателем Совета директоров ОАО «НК “Роснефть”» И. Сечин.