Абсурдность постановки перед экспертами таких вопросов связана с тем, что к нефти, добываемой российскими компаниями на внутреннем рынке, было предложено руками экспертов применить «мировые» цены Средиземноморского региона, к тому же без учета, была ли реально эта нефть действительно туда доставлена. Другая сторона той же проблемы состоит в том, что в ходе экспертизы предлагалось обсчитать всю добывавшуюся ЮКОСом нефть, хотя отправить такой объем на экспорт невозможно физически. Именно этот антинаучный подход позволил в обвинении привести невероятные цифры совершенного «хищения» по количеству и стоимости нефти.
Такого рода жесткие исходные установки следствия помогли сыграть плохую службу экспертам, что однажды и произошло по причине предоставления для изучения им сводных, а не первичных отчетных документов. Эксперты Экспертно-криминалистического центра ГУВД Московской области, увлекшись на основе полученного задания определением «рыночной стоимости» нефти, добывавшейся дочерними предприятиями ЮКОСа, вполне удовлетворились переданными им следствием реестрами операций по закупкам материальных ценностей, никак не озаботясь получением в свое распоряжение более важных для данного исследования документов, а именно актов приема-передачи нефти. Поэтому эксперты и не знали, что в сводных реестрах, которые они взялись анализировать, речь идет вовсе не о нефти, а о нефтесодержащей жидкости – сырье, подлежавшем доведению до товарного качества, соответствующего ГОСТу. В итоге у них вышло, что в 1999 году ОАО «Томскнефть» добыло, а «НК “ЮКОС”» у него купила (в понимании прокуроров – украла, в лице Ходорковского и Лебедева) 29 млн тонн нефти, хотя на самом деле максимальный объем годовой добычи у этого предприятия был не более 11 млн тонн. Результатом такого вольного обращения с хозяйственными документами стало сначала в обвинительном заключении, а потом и в приговоре суда существенное превышение количества вмененной в вину Ходорковскому и Лебедеву «украденной» нефти над реально добывавшейся ЮКОСом. Стоит ли удивляться, что когда на допросы в Хамовнический суд начали приходить свидетели из числа бывших и действующих работников «Томскнефти», у них глаза округлялись от озвученной цифры размера «похищенного» на их родном предприятии. Экс-глава этой нефтедобывающей организации Леонид Филимонов в судебном заседании 27 июля 2010 года на вопрос Платона Лебедева: «А могло такое быть, чтобы “Томскнефть” добыла в 1999 году 30 млн тонн нефти?», крайне удивленный, ответил: «Конечно нет! Даже если бы мы перевернули ось земную…»