Затем Алексанян использовал полученные знания, работая в начале 90-х годов в нескольких западных фирмах, среди которых была известная в юридическом мире американская адвокатская фирма «Cleary, Gottlieb, Steen & Hamilton». Кроме того, в марте 1997 года он получил статус адвоката и был включен в состав московской коллегии «Леке Интернэшнл» («Lex International»), специализирующейся на международном частном праве и тесно сотрудничающей с рядом юридических фирм в государствах Европы, Азии и Америки.
В конце 1996 года Василий Алексанян в 25-летнем возрасте (!!) был приглашен на работу в нефтяную компанию «ЮКОС», где возглавил правовое управление. Несомненные способности, заслуженный авторитет и высокая результативность позволили ему подняться до должности вице-президента ЮКОСа. Глава компании Ходорковский характеризовал Алексаняна как крепкого и абсолютно надежного профессионала. Вот что о нем писала пресса того времени, приводя примеры успешной работы корпоративных юристов: «А история с международным хищником Дартом, который поднял бунт миноритарных акционеров против ЮКОСа? И кто укротил немереные аппетиты заморского авантюриста? Прокуратура? ФСБ? Василий Алексанян, выпускник юрфака МГУ и гарвардской ГГМ, пришедший в компанию в декабре 1996 года»[89]. Этот случай запомнился многим. Уже в наши дни бывший топ-менеджер ЮКОСа Роман Хоменко вспоминал: «Фантастический юрист не только по образованию: Гарвард многие закончили, а то, что Вася выиграл суд в открытом состязании у Кеннета Дарта, – это исторический факт. У Дарта, который обанкротил Бразилию» (Коммерсант FM, 4 октября 2011 г.).
Сам Алексанян так рассказывал о своей деятельности в ЮКОСе: «В период стабильного существования компании у юриста главная задача – “ведение домашнего хозяйства”. Нужно отладить все бизнес-процессы, создать процедуры принятия решений, обеспечить соблюдение законодательства всеми подразделениями компании в текущей деятельности, строить схемы защиты активов, сопровождать новые проекты, повышать квалификацию персонала. Это кропотливая и нужная работа. Но она необходима для того, чтобы предотвратить наступление негативных последствий для активов и персонала компании юридическими средствами. Например, мы впервые (насколько я знаю) в практике отечественного нефтяного бизнеса разработали схему перехода права собственности на добываемую нефть с целью ее имущественной защиты. Просмотрели всю технологическую цепочку добычи. Нашли в ней главное – с юридической стороны – звено. И защитили нашу схему в суде вплоть до Высшего арбитражного»