1. 1 ноября 2004 года в отношении Вальдеса было вынесено постановление о привлечении его в качестве обвиняемого, где говорилось о совершении им хищения в группе с иными лицами. Но очень скоро этого следователям показалось мало, и они нашли в Уголовном кодексе еще и статью о легализации, присовокупив ее новым постановлением от 11 ноября 2004 года.
2. В конце декабря 2004 года были арестованы будущие товарищи по несчастью Вальдеса – Малаховский и Переверзин, также возглавлявшие коммерческие структуры, работавшие в группе «ЮКОС». Его самого черед настал 3 февраля 2005 года – заочно была избрана мера пресечения в виде заключения под стражу.
3. 8 июня 2005 года Вальдес-Гарсия возвратился из Испании в Москву. Этим же днем было датировано решение о замене ему меры пресечения с ареста на подписку о невыезде и надлежащем поведении. Но тут же трио следователей – Р. Хатыпов, В. Алышев и В. Стрыгин – предъявили ранее вынесенное обвинение в соучастии в хищении нефти (ч. 4 ст. 160 УК РФ) и причастности к легализации вырученных от инкриминированного деяния средств (ч. 4 ст. 174.1 УК РФ), и затем допросили. Вину признал частично, лишь в том, что действительно подписывал ряд указанных в обвинении документов, не вникая в их суть.
4. 19 августа 2005 года по тем же особо тяжким подразделам статей уголовного кодекса Вальдесу-Гарсии было предъявлено обвинение в окончательной редакции. В тексте этого документа привлекают внимание как минимум две вещи. Явно оставляя себе задел на будущее, составители фабулы обвинения написали, что обвиняемый совершил описываемые действия в организованной группе вместе с Михаилом Брудно и другими руководителями ОАО «НК “ЮКОС”». А в конце постановления указано, что оно было объявлено в клинической больнице, причем текст зачитал защитник. Вальдес вновь признал вину частично, пояснив, что относился к деятельности организации, где работал генеральным директором, и своим трудовым функциям как к самым обычным хозяйственно-финансовым операциям. Однако вместо развернутых пояснений по поводу сущности обвинения в протоколе содержится информация, вряд ли понятная стороннему читателю. Здесь сказано, что Вальдес поступил в данную больницу из клиники г. Истра. А туда его привезли со сломанными челюстью, правым бедром, левой ногой, выбитыми зубами, сотрясением мозга и многочисленными ушибами. Доставили, со слов Вальдеса, «сотрудники милиции из так называемого безопасного места, где они меня содержали, и которые должны были мне обеспечивать государственную защиту. Сегодня, 19 августа 2005 г., я заявляю следствию о моем отказе от государственной защиты. Этот отказ обусловлен целью сохранить свою жизнь для моей еще живой престарелой матери».