Затем эстафету приняло следствие и продолжило добиваться оговора не менее «интеллигентными» способами: «Я помню первые допросы, помню следователя, который визжал и буквально брызгал слюной, истошно вопя: “Иваныч! (это он так ко мне) Ты же русский! Что тебе эти евреи, эти Борисовичи!!!” Тогда мне было более чем дико слышать этот бред от маленького человечка, кстати говоря, далеко не русской национальности. Тогда мне это казалось кошмарным сном, и я спрашивал себя: “Господи, куда я попал? Что происходит?” Я не верил, что этот бред происходит со мной…»
Во время следствия сотрудники Генпрокуратуры уточнили, чего именно они хотят. Следовало признать вину и сказать, что во время работы в ЮКОСе Переверзин контактировал и получал различного рода указания от троих – Брудно, Лебедева и Ходорковского. В этом случае можно рассчитывать на условный срок. Однако Переверзин никакой вины за собой не чувствовал и считал, что признаваться было не в чем. Тем более что Брудно в ЮКОСЕ он видел всего один раз, а с Ходорковским и Лебедевым вообще не общался.
Из-за постоянного давления Владимир Переверзин 23 августа 2005 года при предъявлении обвинения в окончательной редакции согласился признать вину частично, при этом пояснив, что признает себя виновным только в том, что был формальным директором кипрских компаний «Пронет», «Рутенхолд» и формально подписывал контракты на приобретение нефти и нефтепродуктов. Но при этом указанные действия считал законными и о противоправном их характере даже не подозревал.
Вероятно, такой результат следствие сразу же записало себе в актив, поскольку затем в обвинительном заключении появилась запись, что помимо наличия на иждивении малолетнего ребенка к обстоятельствам, которые могут быть признаны судом смягчающими наказание Переверзину, следует отнести еще и активное способствование раскрытию преступления. Правда, этот ориентир для определения гуманного наказания «добрая» судья Ярлыкова проигнорировала, предпочтя указать как основание своего снисхождения наличие хронического гастрита и простатита, определив в итоге Переверзину «всего» 11 лет лишения свободы в колонии строгого режима – срок, который дают не каждому убийце…
Упоминая судью в одном из своих интервью, Переверзин позже поделился уверенностью в том, что Ярлыкова прекрасно понимала, что судит невиновных людей: «В течение всего процесса было ясно, что все настолько сфабриковано и сфальсифицировано, что я не сомневаюсь, она просто заранее уже знала, что выносит незаконное решение».
Зачем же и кому понадобилась такая жертва и есть ли хоть капля вины в его действиях? Обращает на себя внимание, что в уголовном деле находилась переписка Владимира Переверзина на английском языке с финансовым директором компании «ЮКОС» Мишелем Субленом, который брал его на работу и обсуждал ее детали. Из данной переписки следовало, что Переверзин – обычный административный работник компании, выполняющий свои должностные обязанности. Однако, как затем выяснилось, это не помешало следствию включить в обвинительное заключение Лебедева ложное утверждение, что именно он взял Переверзина на работу в ЮКОС. Об этом сам Переверзин с большим удивлением узнал во время допроса в Хамовническом суде в августе 2010 года, о чем и сказал, назвав это «наглым враньем». По мнению Переверзина, именно для таких фальсификаций от него так настойчиво требовали признания вины и факта знакомства с Лебедевым. Очевидно, все это делалось для придания видимости правомерности незаконных действий сотрудников прокуратуры.