Переводчик Черниговский в предисловии к книге Ямвлиха «Жизнь Пифагора» пишет: «Проводят аналогии между пифагорейской школой и монашескими братствами или же масонскими ложами. Однако у пифагорейцев, в отличие от членов монашеских братств, слишком большую роль играла культура тела, которое, по пифагорейским представлениям, вовсе не является греховным, а скорее подлежащим преображению и гармонизации. Кроме того, они активно участвовали в политической жизни, в судебной и законодательной деятельности, а не уходили от мира в скиты и монастыри. Аналогия же с масонскими ложами несостоятельна потому, что пифагорейский союз был скорее похож на религиозный орден, так как охватывал почти всю Южную Италию и Сицилию, и к тому же деятельность пифагорейцев была совершенно открытой и лишённой ореола таинственности, которая в деятельности масонских лож преобладает над всем остальным, и часто ею всё и исчерпывается. Аналогия же с религиозным орденом также нуждается в уточнении, так как пифагорейцы агрессивностью не отличались и принудительным распространением своего вероучения и образа жизни среди других народов не занимались – скорее, наоборот, считали подобную деятельность излишней ввиду неподготовленности людей к восприятию их учения. Вообще во всех явлениях античной религии и культуры ощущается бездна такта и уважения к чужой вере, которые в позднейшее время сменились христианской истерией индивидуального и коллективного душеспасения, сопровождавшейся, как правило, поруганием чужой веры. Это преимущество религии древних хорошо выразил «русский эллин» Тютчев, который однажды воскликнул: Где вы, о древние народы? / Ваш мир был храмом всех богов / Вы книгу матери-природы / Читали ясно, без очков!».
Точная дата смерти великого философа, а также, что послужило её причиной, доподлинно неизвестно, в этом вопросе мнения историков сильно расходятся. Одни говорят, что мудрец погиб во время беспорядков в Кротоне, другие утверждают, что он был убит во время мятежа в Метапонте, третьи пишут, что философ заморил себя голодом в одном из священных храмов, а четвёртые доказывают, что отец-основатель западной философии мирно скончался в почтенном возрасте 80 или даже 90 лет. Как бы там ни было, бесспорно одно: учение великого мудреца затронуло умы и сердца сотен мыслящих людей.
После смерти Пифагора Пифагорейский орден возглавила его жена Феано, их двое сыновей и дочь также способствовали распространению учения вместе с многочисленными учениками и последователями, такими как Филолай, Алкмеон, Гиппас, Лисид, Ксенофил, Архит и другими.