Вскоре Сарай-Берке, насчитывающий почти 100 тысяч населения, становится крупнейшим центром мусульманского Востока. Только одних соборных мечетей в городе насчитывалось более тридцати, а квартальных – во много раз больше. В медресе золотоордынской столицы начинают преподавать видные мусульманские ученые.
Одной из причин распространения ислама в Золотой Орде являлся устный свод законов, составленный при Чингисхане, по которому за оскорбление веры, в том числе – непочтение к священнослужителю любой религии, полагалась смерть. Христианские, мусульманские, буддийский священнослужители находились под ханским покровительством и были освобождены от уплаты дани.
После распада Золотой Орды центр мусульманской культуры во второй половине XV века переместился в город Казань, основанный булгарами в 1177 году. Казань после бегства туда претендента на золотоордынский престол Улу-Мухаммада становится столицей самостоятельного Казанского ханства. Из всех городов Восточной Европы того времени Казань уступала по величине и численности населения лишь Москве, Новгороду и Вильне. В XV веке только в ограде Казанского кремля насчитывалось пять больших соборных мечетей, в том числе и самая значительная в Казанском ханстве мечеть Нур-Али. Здесь же находилось главное медресе. За пределами городских стен находились многочисленные деревянные мечети.
Почетное место в Казанском ханстве принадлежало мусульманскому духовенству. Глава духовенства избирался из лиц, принадлежавших к числу сеидов – потомков Пророка Мухаммада, и считался первым после хана лицом в государстве. Среди сохранившихся имен сеидов Бураш (умер в 1507 г.), Шах-Хуссейн (умер в 1546 году). Последний духовный глава мусульман Казанского ханства сеид Кул-Шериф руководил отрядом мулл, муэдзинов и шакирдов (учащихся медресе) и погиб среди защитников города в октябре 1552 года.
Очень большое влияние на мусульман в Казанском ханстве оказывали суфии, распространившиеся из Туркестана. Ими было образовано медресе, в числе преподавателей которого находился известный суфийский шейх Иш-Мухаммад. Могилы известных суфиев того времени в течение нескольких столетий почитались мусульманами. В казанский период началось распространение ислама среди финских народов Волжско-Уральского региона – марийцев и удмурдов.
После того, как во второй половине XVI века войсками Ивана Грозного Казань была взята и присоединена к России, началось подчинение завоеванных земель с мусульманским населением. Многие мусульмане из золотоордынской знати в XV–XVII веках присягнули на верность московским государям, приняли православие и перешли на службу к московским великим князьям, со временем составив значительную часть дворянства. От крещеных мурз и эмиров, а также иных служилых татар, берут начало такие известные дворянские фамилии как Загоскины, Адашевы, Ртищевы, Булгаковы, Голицыны, Измайловы, Татищевы, Апраксины, Крюковы, Балакиревы, Глинские, Бердяевы, Воронцовы, Аксаковы и многие другие. Однако далеко не всегда переход на русскую службу предполагал смену вероисповедания. С наделением землями служилых татар, сохранивших приверженность исламу, связано, к примеру, возникновение мусульманского Касимовского царства внутри русских земель. В 1447 году казанские царевичи – сыновья Алу-Мухаммада оказали поддержку великому князю Василию II в его возвращении на московский престол, который был захвачен галическим князем Дмитрием Шемякой. В благодарность за это царевичу Касыму был пожалован Мещерский городок на Оке, который получил название Касимов и стал затем столицей вассального от Москвы Касимовского царства. В Касимовском царстве поселялись, получая поместные наделы, служилые татары-мусульмане со своей челядью. Во второй половине XV века в Касимове была построена Ханская мечеть. Касимовское царство просуществовало до XVII века. Однако касимовские татары, живущие на этой территории, до наших дней татары сохранили свою приверженность исламу.