За тысячу лет разделения, эти части Церкви существенно разошлись в принципах внутреннего устройства. Римская Церковь избрала путь укрепления папской власти. Первоначально, высшим органом правления в Западной и Восточных Церквях, был Собор или Собрание. На соборах присутствовали патриархи, митрополиты, епископы, священники, представители императора, обычные граждане империи. Это был демократический принцип правления.
Собор возглавлял Сам Иисус Христос, Он подлинный глава Церкви. Несмотря на то, что Христа не было зримо с учениками, Он реально возглавлял Церковь. На Востоке сохранился этот принцип правления до настоящего времени. Все пятнадцать Поместных (местных) Православных Церквей управляются Соборами.
На Западе поступили по-иному, усиливая папскую власть. Постепенно, главой Римской Церкви стал папа, которому присягали не верность кардиналы, епископы и духовенство, как вассалы королю. Последний полноценный Собор Западной Церкви состоялся в XIV веке. Он представлял собой еще некоторую власть, однако после этого, Соборы на Западе, хоть и проводились, но реальной властью не обладали, поскольку просто фиксировали готовые законодательные акты, принятые папой. Власть Римского первосвященника, «раба рабов Божиих», с веками увеличивалась.
Поначалу, он был первым среди равных, как Восточные патриархи, затем видимой главой Церкви, после единственной главой, наместником Бога на земле, и, наконец, после II Ватиканского Собора, приобрел юридически власть Бога. Сейчас, согласно церковным постановлениям Римского престола, папа может изменить действие Бога, он непогрешим в своем мнении и действиях, если они возвещаются с кафедры, слово папа всегда и во всем прав, даже если вся Католическая Церковь как один человек скажет «нет». Он выше Собора, выше государственной власти, он один – Католическая Церковь, согласно решениям II Ватиканского Собора, состоявшегося в середине XX века.
Православная Церковь сохранила древнегреческий принцип правления, демократический Собор. Патриархи на Востоке сейчас лишь первые среди равных, не более того. Они – епископы, как и другие архиереи Православной Церкви и обладают всей полнотой власти только в пределах своей епархии или округа, во внутренние дела прочих епископов, патриархи не вправе вмешиваться. Власть патриарха не распространяется на всю Поместную Церковь. Дела общецерковного масштаба вправе решать только Вселенский (Всеобщий) Собор, которых в истории Церкви было семь.
На данном историческом этапе, воссоединение двух ветвей единой некогда Церкви, практически невозможно, в силу разных принципов внутреннего устройства. Воссоединение реально только при равных системах управления, которые отражают в себе и догматическое (вероучительное) содержание. Это всецело зависит от Римского папы, поскольку только он, добровольно сложив с себя часть полномочий, может пожелать соединиться с Восточными Церквями. Юридически любые союзы Католической Церкви с иными религиозными объединениями означают автоматическое присоединение их к Римском престолу. Естественно, Восточные Патриархи на это не пойдут, поскольку в этом случае они должны будут признать непогрешимость и главенство папы, а не Христа, что противоречит вероучительным истинам Православия.