Как-то случилась у Ивана Мазепы большая любовь – шестидесяти девятилетний гетман влюбился в свою крестницу, шестнадцатилетнюю Мотрю Кочубей, дочь своего стольника Василия Кочубея.
Родителям, в особенности матери, такая любовь не понравилась и Кочубей, вместе со своим свояком, бывшим полтавским полковником Искрой написал донос на измену гетмана. Пётр I доносу не поверил и поручил канцлера Головкину доносчиков допросить.
В апреле 1708 года их препроводили в Витебск, где находился Петр, и допросили с пытками. Доносчики признались в своём навете и их отдали Мазепе. 12 июля, при огромном стечении народа, им отрубили головы в Борщаговке, небольшом городке возле Белой Церкви. После всего этого Пётр верил Ивану Мазепе, как себе.
В 1708 году Карл XII хотел идти на Москву, но потом передумал и вторгся в Украину. Пётр, уверенный в Иване Мазепе, шлёт ему депеши с требованием идти в крепость Стародуб, куда направлялись войска царя.
В политике главное – лицемерие, а им Мазепа владел в совершенстве, ещё в юности начитавшись Макиавелли. Мазепа, под видом болезни, отказывается от каких либо действий, к тому же пишет, что в Украине неспокойно и доверять никому нельзя.
Меншиков мчится к Мазепе, но тот прячется и переезжает с одного города в другой, а 24 октября отправляется к Карлу XII, уверенный, что тот победит Петра и оставит Мазепе и его старшине Украину.
Меншикову донесли, что Мазепа ушёл под крыло Карла XII, и он отправляет об этом донесение Петру Первому, а сам мчится в Батурин. Там приверженцы Мазепы заняли оборону и не пускают туда Меншикова. После неудачных переговоров Меншиков штурмует Батурин и сравнивает его с землёй.
6 ноября 1708 в Глухове казаки выбирали нового гетмана. Предложили Ивана Скоропадского и Павла Полуботка, но выбрали Скоропадского, как более приемлемого Петру I.
В конце ноября с табора Карла XII возвращается Данила Апостол, которому пришлось идти с Мазепой, боясь его расправы. Пётр Первый простил его, как и полковника Игнатия Галагана, вынужденно исполнявшего приказы Мазепы. Из ссылки вернули семейство Кочубея и Искры.
В 1709 году в битве под Полтавой русские войска вместе с казаками Скоропадского разбили Карла XII, который, вместе с Мазепой, бежал к туркам в Бендеры. Скоропадский так и остался гетманом до самой своей смерти в июле 1722 года. После смерти Скоропадского наказным гетманом Войска Запорожского казаки выбирают черниговского полковника Павла Полуботка.
Пётр Первый тут же учреждает Малороссийскую коллегию во главе с бригадиром Степаном Вельяминовым, которая ведает финансовыми делами Войска Запорожского и лишает старшину льгот на подати. Полуботок пытается с этим бороться, но добивается только того, что его сажаю в Петропавловскую крепость, уличив в неверности царю.