Вторая проблема, касающаяся интеллекта евреев, состоит в следующем. Все евреи имеют общее происхождение. Так почему же интеллект евреев-ашкенази приблизительно на 12 баллов IQ выше, чем у восточных евреев? Вероятно, может быть два ответа на этот вопрос. Во-первых, несмотря на строгие еврейские запреты на экзогамию, всегда имелось некоторое число смешанных браков и половых связей между жившими в одной местности евреями и неевреями. Даже небольшой доли экзогамии во многих поколениях было достаточно, чтобы внести существенные пропорции нееврейских генов в еврейский генофонд. Эффекты этого заметны у европейских евреев, некоторое количество которых имеет светлые волосы и голубые глаза. В результате этого евреи-ашкенази в Европе должны были получить значительную долю присущих европейцам генов, обуславливающих более высокий интеллект, а восточные евреи на Ближнем Востоке и в Северной Африке воспринять от автохтонного населения этих регионов значительную долю генов, обуславливающих более низкий интеллект. Другим фактором, вероятно работавшим в сторону увеличения интеллекта евреев-ашкенази в Европе и Соединенных Штатах по сравнению с восточными евреями, было то, что евреи-ашкенази больше подвергались преследованиям. Евреи Юго-Западной Азии и Северной Африки в течение многих столетий меньше подвергались притеснениям. Они испытывали некоторые притеснения, но не в такой степени, как евреи-ашкенази в Европе. Этого оказалось достаточно, чтобы поднять их IQ до 91 балла в сравнении с 84 баллами у других аборигенов Южной Азии и Северной Африки.
Различие в 12 баллов IQ между евреями-ашкенази и восточными евреями в Израиле почти наверняка в некоторой степени обусловлено генетически. Генетический анализ, выполненный Хаммером, Ридом и Вудом (Hummer, Redd, Wood, 2000), показал, что все евреи в определенной мере генетически близки (за исключением эфиопских евреев) вследствие общего происхождения с Ближнего Востока, но европейские и восточные евреи образуют две генетические семьи: европейские евреи с небольшим генетическим родством с европейскими неевреями и восточные евреи с некоторой долей генетической близости с аборигенами Юго-Западной Азии и Северной Африки.