Задача обеспечения безопасности сосредоточения и развертывания прибывавших войск была возложена на приграничные укрепленные районы и часть сил полевых войск, выдвинутых к границе на заблаговременно подготовленные рубежи обороны.
Для того чтобы прикрыть приграничные и тыловые районы с воздуха силами противовоздушной обороны, были развернуты в соответствии с постановлением ГКО от 14 марта 1945 года три армии ПВО — Забайкальская, Приамурская и Приморская.
В Забайкальскую и Приморскую армии ПВО, кроме того, было включено по одной истребительной авиационной дивизии. Армии ПВО являлись средством фронтового командования.
Всего к августу 1945 года Главное командование советских войск на Дальнем Востоке развернуло одиннадцать общевойсковых армий, две оперативные группы, одну танковую армию, три воздушные армии, три армии ПВО, четыре отдельных авиационных корпуса. Кроме того, оно располагало силами Тихоокеанского флота (включая Северную Тихоокеанскую флотилию), Амурской речной флотилией, а также планировало использовать в боях и пограничные отряды НКВД.
Все сосредоточенные на Дальнем Востоке войска решением Ставки были объединены в три фронта: Забайкальский, 1-й и 2-й Дальневосточные.
Забайкальский фронт — командующий Маршал Советского Союза Р.Я. Малиновский, член военного совета генерал-лейтенант А.Н. Тевченков, начальник штаба генерал армии М.В. Захаров — состоял из 17-й, 36-й, 39-й и 53-й общевойсковых, 6-й гвардейской танковой, 12-й воздушной армий, армии ПВО и конно-механизированной группы советско-монгольских войск.
1-й Дальневосточный фронт — командующий Маршал Советского Союза К.А. Мерецков, член военного совета генерал-полковник Т.Ф. Штыков, начальник штаба генерал-лейтенант А.Н. Крутиков — имел в своем составе 1-ю Краснознаменную, 5-ю, 25-ю и 35-ю общевойсковые армии, Чугуевскую оперативную группу, 10-й механизированный корпус, 9-ю воздушную армию и армию ПВО.
2-й Дальневосточный фронт — командующий генерал армии М.А. Пуркаев, член военного совета генерал-лейтенант Д.С. Леонов, начальник штаба генерал-лейтенант Ф.И. Шевченко — включал в себя 2-ю Краснознаменную, 15-ю и 16-ю общевойсковые армии, 5-й отдельный стрелковый корпус, Камчатский оборонительный район (КОР), 10-ю воздушную армию и армию ПВО.
Тихоокеанский флот — командующий адмирал И.С. Юмашев, член военного совета генерал-лейтенант С.Е. Захаров, начальник штаба вице-адмирал А.С. Фролов — к началу боевых действий имел 427 боевых кораблей, в том числе: крейсеров — 2, лидер — 1, эсминцев — 12, сторожевых кораблей — 19, подводных лодок — 78, минных заградителей — 10 и 1549 самолетов. Флот базировался на Владивосток (главная база), Советскую Гавань и Петропавловск-Камчатский. В качестве вспомогательных баз служили порты Находка, Ольга, Де-Кастри, Николаевск-на-Амуре, Посьет и другие пункты морского побережья.