Недовольство Калигулы в отношении иудеев, о котором говорит Филон, было вызвано не только смутой в Александрии, но и еще одним делом, намного более важным, — это события в Иудее, где воля императора натолкнулась на непредвиденное сопротивление. На протяжении весны 40 года в городе Ямния, который был владением императора, вероятно, в честь военного похода Гая в Галлию, поданного как победоносная кампания, греки и другие язычники стихийно устанавливали жертвенники судьбы, посвященные Калигуле. Памятуя о своих обычаях, иудеи стали разрушать эти жертвенники. Местный представитель императора Эрренний Капитон направил по этому поводу донесение в Рим.
Тогда Калигула решил применить силу. Он приказал наместнику Сирии легату Петронию с двумя легионами из четырех, находящихся под его командованием, вступить в Иудею, чтобы установить в Иерусалимском храме статую императора. Это был серьезный шаг; за несколько лет до этого префект Понтий Пилат установил в Иерусалиме значки римских когорт. Однако иудеи не пожелали, чтобы значки, среди которых было изображение императора, находились в храме и подняли протест. Понтий Пилат уступил, хотя Тиберий не одобрил подобного шага.
Когда весть о приказе императора достигла Иудеи, здесь начались волнения. Петроний намеревался установить статую, которая изображала Юпитера с чертами лица Калигулы. Однако толпа мужчин и женщин, стариков, взрослых и детей окружила резиденцию наместника в Птолемаиде. Граница на Евфрате оказалась ослабленной из-за ухода двух регионов, и потому волнения в Иудее грозили весьма серьезными последствиями. Посоветовавшись со своими приближенными, Петроний решил повременить с установкой статуи, запретив иудеям направлять депутацию в Рим и направив Калигуле обстоятельный доклад.
Петроний опасался движения протеста иудеев, которые отказывались убирать урожай, если указ императора не будет отменен. Согласно Филону Александрийскому, Калигула был весьма недоволен посланием Петрония и направил тому письмо, угрожая смертью. А Иосиф Флавий свидетельствует, что ответ Гая Петронию был полон негодования: «Поскольку ты предпочел дары, преподнесенные тебе иудеями, моим инструкциям, и осмелился высказывать недовольство, я указываю тебе, что приказы императора не должны пренебрегаться, как то сделал ты». В сущности, это был призыв к самоубийству, однако Петроний за 27 дней до получения этого письма узнал о смерти императора.
Проблемы, связанные с иудеями, были не единственными, требовавшими внимания императора. Здесь следует назвать и отношения между Римом и Парфией. В 35 году в Парфии разразился династический кризис, и король Артабан был изгнан. Побуждаемый наместником Сирии Луцием Вителлием, протеже Рима, царевич Тиридат прибыл в город Ктесифон, где в 36 году получил царскую корону. Однако парфяне скоро разочаровались в новом царе, который, покинутый своими сторонниками, бежал в Сирию. Артабан вернулся на престол. Он приветствовал приход к власти Калигулы и всячески демонстрировал свои дружеские чувства к Риму во время опасной болезни принцепса. Вителлий в этот период не предпринимал никаких действий против Артабана.