В целом это Положение продолжало формально действовать — поскольку личный состав органов КГБ с ним не знакомился, а его содержание доводилось только в изложении, — до 16 мая 1991 г., когда был принят первый в отечественной истории закон «Об органах государственной безопасности в СССР».
Как отмечали известные исследователи истории органов госбезопасности СССР А.И. Кокурин и Н.В. Петров, выполняя указания Хрущева, Шелепин провел серию кардинальных преобразований в КГБ в плане упрощения его структуры и сокращения численности сотрудников.
Если при Серове у председателя КГБ при СМ СССР было 6 заместителей, то летом 1959 г. в русле начатой Шелепиным «перестройки» он сократил их число до трех, произведя и кадровые замены.
Первым заместителем председателя КГБ остался опытный чекист П.И. Ивашутин, двумя другими — стали председатель КГБ Белоруссии А.И. Перепелицын и заместитель заведующего Административным отделом ЦК КПСС В.С. Тикунов, ранее не имевший отношения к работе в правоохранительных органах. (В.С. Тикунов в июле 1961 г. был назначен министром внутренних дел РСФСР).
А.И. Перепелицын также был недостаточно опытным профессионалом, начав свою «чекистскую» карьеру в апреле 1954 г. сразу с должности заместителя председателя КГБ при СМ Белорусской ССР.
Таким образом, основное повседневное руководство деятельностью оперативных подразделений КГБ объективно ложилось на П.И. Ивашутина.
Столь кардинальная замена руководства в ведомстве, вступившем в полосу очередного «реформирования», при замене опытных профессионалов недостаточно компетентными «варягами», вряд ли может считаться оптимальным решением.
А уже в апреле 1959 г., новый председатель КГБ А.Н. Шелепин вновь предложил сократить штат оперативных работников в центре и на местах еще на 3 200 единиц, а штат рабочих и служащих — на 8 500 человек.
Нельзя также не отметить, что подобная затянувшаяся кампания «чисток» и сокращений не лучшим образом сказывалась как на результатах оперативно-следственной работы органов КГБ, так и на состоянии морально-психологического климата в чекистских коллективах, порождая у сотрудников чувства неуверенности, недооценки важности и нужности, общественно-политической значимости их работы по обеспечению безопасности государства и его граждан.
В соответствии с постановлением Президиума ЦК КПСС и Совета министров СССР от 17 июня 1959 г. продолжилось изменение структуры Центрального аппарата КГБ.
Конкретно это выразилось в следующем.
23 июня 1959 г. был упразднен Тюремный отдел, а функции руководства следственными изоляторами в центре и на местах были переданы в учетно-архивные подразделения КГБ.