В то же время значительная часть документов по-прежнему закрыта для исследователей. Согласно Закону Российской Федерации «О государственной тайне» 1993 г. и другим нормативно-правовым актам, архивные документы могут иметь несколько уровней секретности. При этом данные акты не предусматривают автоматического рассекречивания документов даже по истечении соответствующих сроков (75, 40 и 30 лет), а возможности самих архивных учреждений в рассматриваемом вопросе нередко ограниченны.
В большей степени исследователям доступны документы фондов ведущих федеральных архивов, и, напротив, более строгие ограничения действуют в ряде ведомственных и местных архивохранилищ. Практически недоступен исследователям Архив Президента Российской Федерации (далее – АПРФ). Лишь в незначительной степени введены в научный оборот документы архивов ФСБ. Существенные сложности возникают и при обращении к документам бывших партийных архивов, которые содержат немало конфиденциальной информации. В результате отдельные архивные учреждения вообще прекратили выдачу целого ряда дел военного времени. В качестве одного из наиболее распространенных способов ограничения доступа исследователей к документам в ряде архивов применяется расширительная трактовка понятия тайны личной жизни. На этой основе остаются засекреченными документы о преступлениях, совершенных членами партии, борьбе с хищениями, перестали выдаваться списки лиц, ушедших с оккупантами.
В РГАСПИ выдаче не подлежат документы, которые содержат сведения о коллаборационистах и коллаборационистских формированиях, аморальных явлениях среди партизан (случаях дезертирства, пьянства), фактах их недоброжелательного отношения к местному населению (расстрелах, грабежах), протоколы допросов военнопленных противника. Не выдаются и документы о местах дислокации партизанских баз, а также сведения о количестве партизанских отрядов и участников партизанского движения.
В ЦАМО РФ в читальный зал не выдаются судебно-следственные дела и постановления военных советов фронтов и армий о снятии с военнослужащих судимости, отклоненный наградной материал, документы, содержащие сведения о чрезвычайных происшествиях и аморальных явлениях, нарушениях конвенций о ведении войны, стенограммы допросов военнопленных противника и другие источники. Только в декабре 2005 г. в ЦАМО РФ отменили цензурирование выписок исследователей из предоставленных им рассекреченных материалов и ограничение на вынос рабочих тетрадей с территории архива. Все эти ограничения, безусловно, сужают исследовательские возможности историков, специализирующихся на рассматриваемых проблемах. Следует отметить негативную тенденцию последних лет: повторно засекречиваются или немотивированно перестают выдаваться в читальный зал целые пласты документов, которые были доступны еще в начале 2000-х гг. К таковым относятся политдонесения, документация военных советов фронтов и другие документы.