Маршрут Толля пролег от верховьев реки Яны до северного берега острова Котельного, а затем — до Хатангской губы. Экспедиция произвела 4200 километров маршрутной съемки. Первым из исследователей Эдуард Васильевич Толль дал описание плоскогорья между реками Анабар и Попигай. На карте остались предложенные Толлем географические названия — хребет Прончищева и хребет Чекановского. Экспедиция вела подробный метеорологический журнал. Собраны были немалые палеонтологические материалы, которые впервые позволили получить представление о геологическом строении района Анабары и Хатанги. А к этому надо добавить и собранные экспедицией весьма обширные ботанические, зоологические, этнографические коллекции…
Большая серебряная медаль имени Н.М. Пржевальского — вот награда, которую получил Эдуард Васильевич Толль от русского географического общества, высоко оценившего результаты его путешествий. Да и Академия наук, прежде желавшая ограничить его самостоятельность, наградила ученого денежной премией. Имя исследователя стало известным; он участвует в работе Международного геологического конгресса в Цюрихе, русское географическое общество командирует его в Норвегию для приветствия от имени общества знаменитого путешественника Фритьофа Нансена на устраиваемых в его честь торжествах.
Время, проведенное в Норвегии, Толль использовал для новых исследований: он изучал ледники покровного типа, характерные для Скандинавии. Вернувшись в Россию, ученый оставил службу в Академии наук и переехал в Юрьев, где начал писать большой научный очерк о геологии Новосибирских островов и работу о важнейших задачах исследования полярных стран. Это был широкий и развернутый план дальнейшего научного наступления на Арктику, руководство к действию для исследователей самых разных специальностей.
В эти годы, оказавшиеся весьма плодотворными, ученый проводил и разнообразные исследования в Прибалтике: изучал, например, развитие древних ледниковых отложений и колебания Балтийского моря в послетретичный период…
Позже Толль плавал на первом русском ледоколе «Ермак», построенном по предложению другого замечательного русского ученого — адмирала С.О. Макарова, ставшего ему близким другом.
И не переставал мечтать о том времени, когда он сможет отправиться еще в одну экспедицию — специально снаряженную для того, чтобы достичь Землю Санникова.
21 июня 1900 началась эта экспедиция на шхуне «Заря». Академия наук России наконец сочла возможным выделить средства на поиски предполагаемой суши к северу от Новосибирских островов.