Купленный дом был полностью перепланирован и перестроен, на что истрачено 154 658 руб. На первом этаже разместились: дирекция, столовая, кухня и квартиры учителей; на втором – библиотека, актовый зал, классы, дортуары, лазарет и домовая церковь. 17 сентября 1821 года пансион переехал в переделанное здание, но работы по расширению и реконструкции всего комплекса продолжались еще семь лет, когда выстроили двухэтажный корпус для квартиры инспектора и три служебных флигеля.
Вскоре по окончании этих построек, а именно в 1830 году, пансион преобразовали в Первую классическую гимназию, которую 10 лет спустя переместили в расположенное неподалеку здание на углу Кабинетской и Ивановской улиц (ныне – Социалистической ул., 7), перестроенное Н.Л. Бенуа. На этом история Благородного пансиона завершилась.
В опустевшем доме на Звенигородской разместилось Митрофаньевское синодальное подворье, позднее оно несколько раз кардинально переделывалось. Первый раз это случилось в 1838–1839 годах. На покупку и переделку Синод выделил 200 тыс. руб. В годы последней войны здание подворья было сильно разрушено и восстановлено в так называемом «сталинском стиле». О Благородном пансионе в нем сейчас ничто не напоминает>18.
Через год после того как пансион покинул здание на Фонтанке, а именно 8 ноября 1822 года, владельцы – надворный советник Иван Иванович Отт и его дети: инженер-майор Федор и девица София продали владение за 100 тыс. руб. Воспитательному дому. Сюда, с подгородной Куракиной дачи на Шлиссельбургском тракте, перевели женскую богадельню этого Дома, хотя поначалу здание предполагалось передать университету.
На его ремонт и переделку по смете ведомственного архитектора Д. Квадри от января 1823 года было выделено 41 764 руб. Боковые флигеля соединили с главным домом и расширены; вместо прежней двухмаршевой устраивалась новая лестница, а в большом зале бельэтажа, украшенном четырьмя прилегающими колоннами, были сделаны арки и хоры. В этом зале 12 декабря 1824 года осветили домовую церковь Св. равноап. Марии Магдалины>19.
В 1860 году богадельню закрыли и на ее место вселилось Николаевское женское училище, где обучались воспитанницы Сиротского женского института Воспитательного дома, «которые не состоянии продолжать курс наук, [чтобы] дать сообразно их умственным способностям воспитание». Следовательно, это было низшее учебное заведение, которое готовило помощниц по домашнему хозяйству.
Когда в 1906 году училище выехало, то 3 сентября 1908 года здание сдали на три года 4-му Городскому сиротскому приюту. После окончания срока приют покинул помещения, оставив их в плачевном состоянии: «Кафельные печи наполовину разобраны и разбиты, рамы окон и дверей переломаны, стекла выбиты и окна заколочены досками, почти уничтожен сад».