Ягода удачно воспользовался установлением этого факта, и уже 4 февраля по его представлению Политбюро утвердило решение «Об охране Кремля». Оно полностью меняло систему обеспечения безопасности проживавших на его территории руководителей страны. Кремлевский караул — внутренняя охрана Кремля и правительственных зданий — был выведен из подчинения ЦИК и Наркомата обороны. Он переводился в подчинение комиссариата внутренних дел; правда, внешняя охрана все же осталась в ведении комиссариата обороны.
Одновременно предусматривался вывод из Кремля многочисленных советских учреждений и Школы имени ВЦИК, насчитывающей 8 рот - полторы тысячи военнослужащих, являвшейся гарнизоном Кремля. Для замены охранявших Кремль курсантов Школы срочно стал готовиться полк НКВД специального назначения. Таким образом, теперь непосредственное руководство охраной от Петерсона переходило к А. И. Успенскому, ставшему заместителем коменданта Кремля и находившемуся в подчинении Ягоды.
В связи с выявившимися обстоятельствами — обнаружения «элементов разложения» и «нарушения обеспечения секретности» 1 февраля Политбюро поручило Ежову вместе с заместителем КПК З. М. Беленьким «проверить личный состав аппарата ЦИК СССР и ВЦИК РСФСР». Однако не имевший достаточного опыта Ежов тоже не совершил прорыва в работе следствия. Получив 17 февраля от Молчанова «Сборник № 1 протоколов допросов по делу Дорошина В. Г., Лукьянова И. П., Синелобова А. И., Мухановой Е. К. и других», он сделал лишь поверхностный вывод О «засоренности социально-чуждыми элементами» правительственной библиотеки и политической неблагонадежности комсостава Кремлевского караула.
В результате следственных действий было арестовано 25 человек. В числе подследственных оказались Л. Б. Каменев, его жена - сестра Троцкого и его брат Розенфельд. Однако «копать» глубоко следователи не стали; аресту подверглись лишь мелкие технические сотрудники аппарата Кремля, Президиума ЦИК и их жены. Это были «мелкие сошки». Основные фигуры заговора остались вне поля зрения службы госбезопасности.
Конечно, дело не обошлось совсем без последствий. Коменданту Кремля Петерсону председатель Комиссии партийного контроля Ежов объявил в протоколе лишь строгий выговор: «за отсутствие большевистского руководства подчиненной комендатурой... и неудовлетвориельный подбор кадров». Правда, решение Политбюро от 9 апреля 1935 года оказалось строже. Петерсона сняли с должности коменданта Московского Кремля, которую он занимал с апреля 1920 года, и перевели помощником командующего войсками Киевского военного округа. Примечательно, что командующим, взявшим на службу проштрафившегося коменданта, был друг Тухачевского и Гамарника - Якир.