Остов автомобиля, на котором все-таки удалось обнаружить достаточно данных для идентификации, направил джи-менов в небольшую контору автопроката. Оказалось, фургон брал на прокат некий Мохаммед Саламе. Так появилось первое имя подозреваемого, а также основание направить самое серьезное внимание на анализ арабской группы населения США, ее части, склонной к радикализму и особенно располагающей международными связями. Тщательное изучение журналов регистрации продаж, накладных и чеков многочисленных магазинов и компаний, которые продавали химические компоненты, из которых могла быть изготовлена взрывчатка, примененная в Международном торговом центре (далее — МТЦ), вывело на след еще одного подозреваемого, Нидал Айяда. Он приобретал все химикаты, которые могли бы понадобиться для изготовления взрывчатки, в соответствующих пропорциях и количествах, которые заставляли предположить, что готовятся новые взрывы.
Личности подозреваемых стали указателем для сбора информации о круге их знакомых и друзей. Вскоре было собрано более двухсот документальных свидетельств об их связях, контактах и совместных действиях, и десятки запротоколированных показаний самых различных лиц (служащие мотелей и компаний, охранники, соседи и т. д.). Это дало основание для ареста еще двух подозреваемых — Махмуда Абдухалима и Ахмада Аджайя. Первые аресты были произведены спустя полтора месяца после теракта. Многодневные интенсивные допросы, с оперативной проверкой всех, даже косвенных свидетельств, полученных в их ходе, позволили определить, что заговор террористов возглавляет египетский эмигрант, воинствующий противник умеренного каирского режима Хосни Мубарака, шейх Омар Абдель Рахман.
Слепой проповедник шейх Рахман, достаточно заметный политико-религиозный противник Мубарака, давно находился под контролем ФБР. Проповеди и высказывания шейха содержали риторику, весьма близкую к риторике мусульманского фундаментализма, и были исполнены проклятий и угроз. Прежде всего — в адрес и египетского светского строя, и египетских «умеренных», и естественно, Израиля и прочих неверных, оскверняющих арабские земли своим присутствием. Нахождение «под контролем» предполагало не только внимание к публичным высказываниям и действиям шейха, и его окружения: ФБР завербовало (за гонорар 7 тысяч долларов ежемесячно) личного секретаря шейха — отставного полковника египетской разведки Эмада Салема. Он, используя спецтехнику, предоставленную ему ФБР, организовал прослушивание и записи многочисленных переговоров в окружении шейха. За четыре месяца Эмад Салем записал более сотни кассет переговоров (записывающие устройства были установлены им в телефонных аппаратах, в деталях мебели, в своем портфеле и костюме, в автомобиле)