Теперь началась вторая кампания. Цезарь, вместо того чтобы преследовать Помпея в Греции, перебросил свои войска в Испанию в целях разгрома войск младшего партнера Помпея - Испании. За такую переброску Цезарь подвергся резкой критике. Однако его расчет на пассивность Помпея оправдался ходом событий. На этот раз Цезарь начал кампанию слишком безыскусно, и его прямое наступление на основные силы противника в Илерде (современная Лерида), расположенной непосредственно за Пиренеями (см. рис. 4), дало им возможность уклониться от боя. Штурм города не увенчался успехом, и Цезарь предотвратил поражение своих войск только личным вмешательством. Моральный дух войск Цезаря продолжал падать до тех пор, пока он не изменил метод своих действий.
Отказавшись от осады, Цезарь приступил к созданию искусственного брода, чтобы закрепить за собой господство на обоих берегах р. Сикорис (Сегре), на которой расположен г. Илерда (см. рис. 4). Эта угроза перехвата источников снабжения вынудила помощников Помпея отступить, пока еще было не поздно. Цезарь, давая возможность противнику беспрепятственно отойти, одновременно выслал свою галльскую конницу для действий по его тылам с целью помешать дальнейшему отходу. Затем вместо штурма моста, прикрывавшегося арьергардом противника, он пошел на риск и, переправив свои легионы через глубокий брод, считавшийся доступным только для конницы, в течение ночи совершил широкий обходный маневр и перерезал пути отхода противника. Но здесь Цезарь не пытался сразу дать бой, а ограничился тем, что срывал попытки противника найти новые пути отхода, используя кавалерию для задержки и изматывапия неприятельских войск, а легионы - для обхода их флангов. Решительно сдерживая стремление своих солдат вступить в бой, он одновременно поощрял их братание с воинами противника. Последние были утомлены и голодны, их моральный дух падал с каждым днем. В конце концов Цезарь вынудил их вернуться обратно и занять оборону на местности, где не было воды. Вскоре войска противника капитулировали.
Это была стратегическая победа, одинаково бескровная как для побежденных, так и для победителей. Чем меньше солдат было убито с обеих сторон, тем больше стало потенциальных сторонников и рекрутов у Цезаря. Несмотря на то что вместо прямых атак применялось маневрирование, кампания продолжалась всего лишь шесть недель.
Однако в следующей кампании 48 г. до н. э. Цезарь изменил свою стратегию, и в результате кампания продолжалась уже восемь месяцев, а победа Цезаря оказалась неполной. Вместо наступления на Грецию обходным путем по суше через Иллирию Цезарь избрал кратчайший морской путь. Вначале он этим выиграл некоторое время, но в конечном счете потерял его. Первоначально Помпеи имел большой флот, у Цезаря же такового не было, и хотя Цезарь еще раньше приказал срочно строить и собирать корабли в большом количестве, только незначительная часть их поступила в его распоряжение. Не желая ждать, Цезарь отплыл из Боундизия примерно с половиной собранной им армии. Высадившись в Палесте, он двинулся на север вдоль побережья к важному морскому порту Диррахий, но Помпеи прибыл туда первым. К счастью для Цезаря, Помпеи, как всегда, медлил и упустил возможность использовать свое превосходство в силах до того, как Антоний с другой половиной армии Цезаря, ускользнув от вражеского флота, соединился с Цезарем. И даже тогда, когда Антоний высадился севернее Диррахия, Помпеи, находившийся между войсками Антония и Цезаря, не смог помешать им соединиться в районе Тираны-Песете. Помпеи отступил, преследуемый противником, стремившимся навязать ему бой. Наконец обе армии расположились друг против друга на южном берегу р. Генуза, протекавшей южнее Диррахия.